李世民听后虽有释疑，但仍摆手说道：“单雄信乃害主之辈。李密如此势大，居然败坏于他之手，就是因为他不知轻重好歹啊！他暗怀枭雄之心，桀骜不驯。据说此次他并不打算投降的，还劝王世充即使去落草为寇也莫投降！如此之人，怎可容留？”
李世绩再三请求仍不得，痛哭着退下。然后，他只能来狱中探望单雄信。
单雄信对李世绩救他不得这事也不为意，只说道：“我早就料到你办不成这事。你我兄弟一场，各投其主，也只能如此别了！”李世绩流着泪说道：“我本也不惜余生，愿和兄长你一同死；但是既然将这条命献给了国家，事情就无法两全了。况且我死了以后，谁来照顾兄长你的妻儿呢？”于是，他割下一块大腿肉，让单雄信和着酒吃下，说道：“让这块肉随兄长化为尘土，也许可以不负当年的誓言吧！”
李世民听说了后，对李世绩更加赞赏，默许了他收容单雄信的亲人，不予追究。并让他厚葬了单雄信。秦琼、程咬金等瓦岗旧人，都出席了单雄信的葬礼。李世民对此也听之任之。
其实，这也正是李世民不得不杀单雄信的道理。因为他知道，若留下单雄信，那他这支以瓦岗军为支柱的军队，还恐怕真不好带了！而他允许瓦岗旧将们去祭奠单雄信，与当初李渊允许李世绩收葬李密同理，都是为安抚众人之心也！
或许可以这么说，李唐要想真正收伏瓦岗军，李密与单雄信这两人就真的不可留！也真不晓得是李密害死了单雄信，还是单雄信害死了李密，反正他们二人，都是败坏瓦岗事业的罪魁祸首。他二人的如此相生相克，还真不晓得是不是天意！
另一个李世民深为厌恶的人便是朱粲了。朱粲也是土匪出身，性情凶悍残暴，曾在南阳一带称反王，后为杨林击败，而后辗转投了王世充。他所驻军之处，老百姓简直遇到了活阎王一般，常被他搞得民不聊生的。
老百姓痛恨朱粲的残忍，在他被斩杀后，争相用瓦块砖头砸他的尸体，不一会儿堆成了一座小山。
李世民拘押了韦节、杨续、长孙安世等十几个人送往长安，由李渊去发落。
洛阳城中老百姓没有罪而被王世充关押起来的，一律释放；被杀死的，作诔文加以祭奠。
夏军败后，左仆射齐善行与建德之妻曹氏领百骑逃回洺州（今河北邯郸），窦建德余下部众打算拥立窦建德养子为王，齐善行排众议，最后带领百官以及传国玉玺向唐朝投降。
武德四年（公元621年）七月，窦建德被送至长安处斩。
李渊历数王世充的罪状，问他该当何罪。王世充回答道：“我的罪固然该杀，但秦王曾答应我不死”。李渊闻言，便赦免了他的死罪，贬为庶人流放巴蜀。
不过，没几日，王世充仇家独孤机的儿子独孤修德，趁著防守不备杀掉了王世充及其兄长。李渊仅罢免了独孤修德的官位，就不再追究了。后来，其他王氏亲族也以谋反罪被处死完了。
窦建德被杀害后，昔日部下将士愤慨，推刘黑闼为王，半年内收复窦建德的旧地。武德六年（623年），刘黑闼被李建成平定。
在决定天下归属的虎牢关之战中，李世民将智谋、勇猛、耐心、果断等各种统帅才能发挥到了极至，窦建德率领精锐主力十余万人前来支援王世充，李世民仅用3500名玄甲精兵为前锋增援虎牢关，结果大破窦建德十余万众，窦建德战败被俘。随后，洛阳的王世充也被消灭。天下的局势完全转向了对唐军有利的一面。
李世民一举平定窦建德、王世充两大集团，统一中国北方，奠定唐朝版图基础。因军功显赫，李渊特设天策上将策封李世民。这也间接导致日后的玄武门之变。
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