最后胡宗宪通过自己的努力，分析出自己陷入这个密室杀人的局，是一种必然的结果，然后以此为根据，来推出最后的真凶，整理出详尽的证据链条，并且解决了后续的死亡危机，揭开倭寇的狼子野心。
首先，杀王举人的是谁？
对王举人下手的就是黄粱，因为黄粱是足利义光留下来接应实如和尚的暗子。
为什么会去拿鲜于先生的囊刀，是因为鲜于先生好酒，而在这山谷里，刀斧的数量不多，一旦去拿，很容易被人发现。至于说用木钉之类，也得去找斧头来削，也一样会引人注目，所以不如在鲜于先生酒醉之后，取囊刀一用。
胡宗宪认为，黄粱并没有死，他只是消失以避嫌，并干掉目击证人。
如果黄粱不“死”，而那个目击证人又把看到的事，向其他人宣扬，那黄粱就根本无法回避问题，他这种情况下，要不就是跟那目击证人一起，看谁扛得住酷刑，要不就只能招供了。而以实如和和尚对胡宗宪的防备，他不会放任事情这么发展下去。
所以黄粱的“死”，是一个必然的安排。
陈捕头的死，是因为他注意到了了空的不对劲，所以当他跟踪了空时，发现黄粱没死，结果被实如和尚干掉，其实那天晚上，实如是要干掉赵公并栽赃严千户的。
而按之前陈翔的交代，鲜于先生之死，是陈翔下的手。其实他第一天就要杀鲜于先生了，只是第一天黄粱去偷刀，第二天又遇上实如和尚盗刀要去杀掉赵公，第三天他就下手了。下手之后，他见实如和尚在打听胡宗宪的往事，就觉得是自己的一个机会，不料弄巧成拙。
赵公的死，是实如和尚此行的终极目的，能过栽赃给严千户，然后使得严千户被革职查办，以让后者无法再盯紧海贸走私事宜，这样实如和尚就能从中谋利。
古村的瘟疫，就是实如和尚安排出来的，他就是要把一众人等全困死在这里，才能够实现杀死赵公，然后寄祸严千户的计划。
胡宗宪甚至认为，实如和尚其实也没有死，因为他的“死”是投湖，和黄粱一样，都是属于死不见尸的。
“彼等现于何处？”知县问出了这个问题。
要说他们没死，总得找出他们在哪吧？而严千户也对胡宗宪说道：“是不是太过武断了？”
因为严千户和霍长觉这几天一直在堪查地形，找出路，很难相信，实如和尚和黄粱，神不知鬼不觉，就溜出了山谷。
但就在这时，两艘乌篷船从湖上而来。
从船下来的就是胡宗宪一直没找到，很担心她们的霍曼殊、李婉卿和小桃红、绿萝，还有军户刘大姐、古村幸存的陈家姑娘。而随着被她们从船上拖下来的，就是实如和尚与黄粱，他们四肢都中了箭，刘大姐虽然不能如霍长觉一样开得了一石硬弓，但她箭法很好。
她们能捉到这两人，是因为古村的幸存者陈家姑娘认出了去投毒的黄粱。
从下船就认出来了，这也是陈姑娘一直低头的原因，她很害怕黄粱认出她，杀人灭口。
在确凿证据之下，实如和尚不招，黄粱也一一招出来：
胡宗宪并不是实如和尚的主要目标，甚至如果可能的话，实如和尚是要避开他的。
因为在实如和尚看来，正是因为招惹胡宗宪才导致足利义光的覆灭，那么他没有理由去重复足利义光的道路。
但当陈捕头死了之后，胡宗宪敏锐地发觉，两名死者可能是死于同一凶器，并且准确指向囊刀时，实如和尚就知道，他绕不过胡宗宪，所以开始向胡宗宪下手。
实如和尚有他的利益诉求，甚至他完全不是为了给足利义光复仇，而是为了他自己谋取利益，他要和白莲合谋，建立稳定的商路，从而赚取利润，去反哺国内贫困的倭王。但对于胡宗宪来说，对于大明来说，实如和尚就是真真切切的凶手。
“解决他吧。”胡宗宪对霍长觉这么说道。
实如和尚吓得脸色比那身雪白僧衣更白：“贫僧从不曾招认任何一桩指控，不论如何，便是施主以为贫僧有罪，也当回到府城，交由有司论断！”
“送了大师归西，再论断不迟。”胡宗宪很冷静地说道。
“施主今恃利刃在手、舌灿莲花破灭三宝，是邪见人，阿鼻地狱不拣贵贱，施主何得不怖？”实如和尚厉声喊问。
这句话，是有出处的。南北朝周武帝灭佛时，僧人慧远以地狱来威胁周武帝，原话是：“陛下今恃王力，破坏三宝，是邪见人，阿鼻地狱不论貴贱，陛下安得不怖？”周武帝当时勃然作色大怒，直视慧远说道：“但令百姓得乐，朕亦不辞地狱诸苦。”
实如和尚就是套用慧远的话，来威胁胡宗宪。
不过胡宗宪没有用周武帝的话来回答他，胡宗宪抖开折扇，转身向着霍曼殊她们行去，头也不回，只是淡然道：“不闻灭佛，诛一倭寇。”
霍长觉抽刀斩下，夕阳很美，这是实如和尚最后的感想。
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