由于英国军民的殊死抵抗，德国摧毁皇家空军的基础力量、瓦解英国斗志、实施“海狮计划”，在英国登陆的战略目标未达成。德国空军在英国上空损失飞机和熟练飞行员达到严重的程度。德国空军自己承认：空袭英国本土的44个轰炸航空团只剩下4个，还不包括战斗机的损失。在未征服英国前又对苏联宣战，德国陷入东西两条战线作战的困境中，为最终战败埋下种子。
1944年6月13日到1945年3月29日，即将战败的德国又利用火箭武器对英国进行袭击。
第一次世界大战后，德国即着手研究火箭武器，将火箭武器作为未来战争中的杀手锏。第二次世界大战开始后，又建立了研发火箭武器的专门机构。1942年，1火箭已能成批生产。1944年6月13日，德国从法国北部的发射场向伦敦发射第一枚1火箭。在6月15日的3次袭击中共发射200枚1，其中33枚被击落，77枚命中伦敦，其余失的或失败。从6月13日至7月15日，共发射4361枚，有2500枚射入英国境内，被击落1241枚。9月，英美地面部队占领法国北部发射场，德军便从荷兰境内使用e111型飞机携带1进行空中发射，但空中发射效果较差，只有66枚命中伦敦。
1944年9月8日，2火箭开始使用，到1945年3月2日英美军队攻击荷兰境内的海牙发射场为止，共向英国发射1403枚，其中1115枚射到英国境内，517枚命中伦敦。对于这种导弹，完全无法防御，曾在英国朝野造成恐慌。
在10个月的火箭袭击中，德国共发射11895万枚火箭110492万枚21403枚，射到英国境内4646枚，击中伦敦市区2937枚，被击落13954枚。英国因火箭袭击死亡116万人，伤66万人，炸毁房屋26万余幢。
英国对1的袭击，使用战斗机、高射炮、阻塞气球布成多道防线截击。在1944年8月上半月，每7枚1中，仅有一枚命中伦敦。8月28日，接近英国海岸线的97枚1，被击落90枚，其余7枚仅有4枚击中伦敦。
英国在火箭袭击未开始时，曾根据空中侦查判读结果，在1943年8月17日派出570架“兰开斯特”轰炸机，对佩内明德火箭研究中心进行轰炸，投弹2000余吨，炸死德国火箭技术人员和工人700余人，使工厂和设施遭到严重破坏。自1943年12月5日开始，英、美空军对1发射场进行多次大规模空袭，到1944年6月，共出动251万架次。在袭击中损失飞机154架，飞行员771名。据美国战略调查委员会估计，轰炸使德国计划开始使用火箭袭击的日期推迟了3个月。当第一枚火箭射向英国时，盟军已在诺曼底登陆一个星期了，用火箭袭击阻滞盟军登陆行动的计划破产。
英国皇家空军从1943年8月17日到1944年9月1日，对2发射场进行空袭，共投弹2126万吨，但效果不佳。所有的破坏都被德国人在短期内修复，直到英美地面部队占领海牙附近地区的火箭发射场后，2火箭的袭击才停止。
北非空战
1941年初，德国“非洲军团”调往利比亚支援意大利军队作战。首批参战的德军飞机有110架。在3月31日开始的作战中，曾暂时控制利比亚地区的制空权。
1941年11月18日盟军开始“十字军战士”战役，英国皇家空军投入作战飞机1072架，在整个战役中保持了制空权，德国空军未能起到作用。
1942年10月23日至11月4日的“阿拉曼战役”中，盟军和德意军队在作战飞机的比例上差距悬殊达倒42：1，所以由始至终制空权保持在盟军手里。德军飞机和坦克一样，因为盟军对地中海的海路、空中运输线的封锁而缺少油料和备件，未能发挥作用。
1942年11月8日至12月1日的“火炬计划”战役中，由于美英空军机场离前线太远而德军机场离前线较近，德国空军控制了战场的制空权，盟军地面部队不断遭到德军俯冲轰炸机的攻击，英国地面部队不得不在12月初撤退到梅杰兹一带，美军第二军也在进入突尼斯中部的菲亚德和加夫萨后不久撤退。
1943年2月，英美两国将西北非的空军统一由西北非空军司令部统一指挥，为发动进攻突尼斯的战役进行了充分的空中准备。到3月份，盟军取得了突尼斯地区的制空权，德国空军损失惨重。仅在4月18日，美国战斗机在靠近突尼斯海岸线的海上对100架u52运输机的袭击中，击落50余架。大部分德军飞机不得不撤到西西里岛。5月13日，北非德意军团投降。
为保证增援北非作战行动的交通线畅通无阻，德国空军在地中海地区和盟军进行过错综复杂的争夺战。
为掩护北非的交通线，德国空军第10军于1940年底进驻西西里岛。1941年1月10日，英国运输舰队在通过西西里海峡时，遇到德国空军60架e111和u87的攻击，“卓越”号航空母舰被命中6枚炸弹。11日，英军两艘巡洋舰在马耳他东岸又遭到德国空军袭击，“格洛斯特”号受轻伤，“南安普敦”号被击沉。16日，“卓越”号航空母舰再次遭到70架u87、u88的袭击。1个月内，马耳他岛遭到德、意空军的58次轰炸。为保存实力，英国将岛上的第148轰炸机中队撤出。为加强防御，将24架“飓风”式1进驻马耳他。6月份，这些战斗机击退了德国空军的袭击。
由于英军在北非向托布鲁克的进攻，德国空军第10军从西西里岛撤出，只留下意大利空军对马耳他实施攻击。在此期间里，英军加强马耳他的驻军力量，集中了10个航空兵中队，对北非轴心国海上交通线进行袭击，使德意运输船队遭到重大损失。1941年11月，轴心国损失运输船12艘、5499万吨，占全部出发船只的44。希特勒命令将第二航空队从苏德战场调到地中海地区，在西西里岛进驻了5个u884轰炸机大队，u88夜间战斗机、u87、f110各一个大队，担任护航任务的第53“黑桃”战斗航空团f1094个大队，共计飞机352架。开始对马耳他岛进行空袭。
1941年12月，德军开始袭击英军从埃及开往马岛的运输船队。1942年3月20日，开始袭击马岛陆地目标。当日傍晚，趁皇家空军战斗机全部返回地面之机，德国空军第606608轰炸机大队、第54航空团第一大队、第77轰炸航空团两个大队、第53战斗航空团、第3“乌德特”战斗航空团2大队、第26驱逐航空团3大队共约200架飞机，集中攻击塔卡利机场。到1942年3月21日傍晚，机场已变成一片废墟。22日，德国空军再次对岛上其他机场进行第二轮空袭。1942年3月23日，英国海军的4艘巡洋舰和补给舰队接近马岛时遭到德国空军袭击，4艘补给船先后在近海或码头被炸沉，补给物资损失45。1942年3月底，德军将轰炸目标转向瓦莱塔港及船坞。4月，战斗进行到白热化阶段，英国的驱逐舰和潜艇在空袭中收到重创而不得不撤离基地轰炸机部队也同时撤离仅剩下6架“飓风”式战斗机。岛上食物、弹药等给养严重缺乏，马岛守军进入最困难的时期，德意两国驶向的黎波里和班加西的船队能畅通无阻地通过马岛附近海域。
1942年4月中旬，美军“大黄蜂”号航空母舰运载47架“喷火”式战斗机到马岛。德军事先掌握了这批飞机的动向，当飞机刚刚降落到哈尔法和塔卡利机场约20分钟后，即遭到德国空军空袭，当即被炸毁20架，其余27架在和德军第53航空团交战时又损失了多架。此时的马耳他岛的每一个机场和码头都变成了废墟，军舰已被驱散，几乎丧失抵抗能力。德军认为该岛已唾手可得，遂将登陆任务交由意军执行。但墨索里尼认为登陆作战要有3个月的准备时间，延误了及时登陆。
战机转瞬即失。1941年5月9日，英国皇家海军航空兵从位于阿尔及利亚近海的“黄蜂”和“鹰”号上起飞64架“喷火”式战斗机，除了在接近目的地时失事3架外全部降落到马岛机场，并在落地后5分钟内进入掩体，同时作好起飞迎敌的准备。5月10日至12日，德意空军再次对马岛进行空袭时，遭到皇家空军的迎头痛击，飞机损失严重。随后，希特勒下令将第77轰炸航空团调到东部，准备参加对苏联的入侵，德国空军的攻击力量进一步削弱。5月底，59架“喷火”式战斗机又抵达马岛机场，皇家空军第217和218中队也同时到达，英军在马岛的防御力量恢复了元气。7月份日，德军开始对马岛进行新的攻击，由于英军已恢复元气，德国空军遭到严重损失，2周内损失飞机44架，攻击不得不减弱。德意最终未能占领马耳他岛。
水星行动
1941年4月25日，希特勒签发第28号指令水星行动，命令德军对地中海东部的克里特岛发动大规模空降行动，以求结束巴尔干战争为其入侵北非和苏伊士运河争得前进基地保护罗马尼亚普罗耶什蒂油田免遭皇家空军驻克里特岛飞机的空袭。
德军计划投入的兵力有：德国空军第8航空军、第11航空军，共有轰炸机223架、俯冲轰炸机305架、战斗机230架、侦察机50架、运输机500架、运输滑翔机72架。计划运载第71空降师、第5山地步兵师、滑翔机独立突击团，总兵力22000人。其中，第7空降师和独立突击团分为东、西、中部3个突击群，分别在北部沿海的三个机场和干尼亚市空降，山地第5步兵师为战役预备队。
守岛英军和希腊军队约44000人，但装备较差，只有24架战斗机和6辆坦克，火炮也严重不足。
5月20日凌晨5时，德国空军对马利姆、伊拉克林及干尼亚市进行了两次空袭，完全控制了岛上的制空权。7时许，西部战斗群抵达马利姆机场上空，滑翔机空降团第2、4营伞降机场，第1、3营乘滑翔机机降，遭到守军的猛烈射击，23的的士兵被歼灭。中部突击群伞兵第3团3个营在干尼亚市近郊伞降，落入英军防御圈内，大部分被歼灭。伞兵第2团，由于是乘第二批即返航后重新起飞运输机，起飞序列混乱，伞降过程随之零乱，时间持续约3个小时，着陆点也十分分散，原计划的空中掩护无法持续如此长的时间，伞兵基本上没有空中支援。到黄昏时，该团已伤亡400余人。东部战斗群的伞降过程大致和中部一样混乱，损失一样严重。另有600名德军因原计划的飞机被击落而无法装载，留在机场上。
21日午夜，德军两个班夜袭马利姆机场旁107高地得手，德军乘机将东部战斗群剩下的600人和山地步兵第5师空降到马利姆机场。战场形势发生逆转，德国空军全力进行火力支援，致使英军撤离马利姆机场。
23日，德国海军加强海上行动，迫使英国海军撤回亚历山大港。27日，德军攻占干尼亚市。28日，英军从克里特岛撤退，来不及撤退的6000名官兵被俘虏。
在克里特岛战役中，德国空军损失飞机220架，其中运输机110架。尤其对今后产生重要影响的是：伞兵伤亡6500人，使德军空降兵在近两年的时间里没有进行较大规模空降行动，直到1943年下半年才开始了一些活动。
西西里岛
1943年7月开始的西西里岛登陆作战中，德国空军出动500架次战斗机在袭击西西里机场时掩护机场，但未能阻止盟军的登陆。德军轰炸机同时对登陆地域的盟军舰船进行轰炸，取得了一些战果。
意大利战役期间，由于盟军掌握制空权，德国空军只能有少量战斗机偶尔在空中进行游猎活动，未能发挥作用。
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