荷兰人于是向南居益求和，南居益表示澎湖乃是朝庭信地，不可以让你们逗留荷兰人苦苦哀求在台湾大员逗留，南居益口头上同意了这个请求，他在给天启皇帝的奏折上表功道：“向非本院排众议于纷纭，独建渡澎之策，运神机于帏幄，屡尽推毂之奇，何以能蓦奏肤功，复祖宗百年疆土，弘敷远略，舒庙堂宵旦焦劳，有如今日者哉？”
“是役也，不折一矢，不缺一刃，徒以命将出师，声灵遐鬯，能使数年逋寇，一旦惊逃，海波不扬，边鄙无耸，视彼功成而骨为枯、虏灭而水尽赤者，不啻倍之。同思数年枕戈露宿于鲸涛鳄浪之中，不知死者几人，生者几人，才为国家复得澎湖一块疆土，为闽人除却百年隐祸。红夷寄泊于瑶波碧浪之中，暂假游魂出没，不足问也。”天启皇帝允之。胡子睿知道，后来荷兰人抓往没有书面文件的漏洞，宣称台湾是大明皇帝赐给自己的，这就是大明人缺乏法律意识的恶果了，当然这也是后话了。
郑芝龙以中立者的身份罢身于明荷战争外，他埋头做生意，置苏杭细软、两京大内宝玩，兴贩琉球、朝鲜、真腊、占城、三佛齐等国，以等侯时机。
天启六年七年，福建一带发生了极为罕见的旱灾，几个月都没有下过一场雨，赤地千里，一向富裕的福建人，此时连草皮、树根都吃尽了，郑芝龙趋机招揽了大批饥民赴台湾，用海舶载至台湾，令其芟舍开垦荒地为田。厥田为上，秋成所获，倍于中土。其人以衣食之余，纳租郑氏。
郑芝龙发展壮大后，又乘机进攻福建、广东沿海等地，一时间声威大振，郑芝龙略有纪律，不许掳妇女、屠人民、纵火焚烧、榨艾稻谷。比乘风横行，羽檄飞报，沿海戒严。当事者咄咄，一筹莫展。工科给事中颜继祖在给崇祯皇帝的奏折中就写道：“海盗郑芝龙，生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。”
郑芝龙知道自己想在海上成就一番事业，离不开大明的支持，他所到地方但令百姓报水即通报官府消息，而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。郑芝龙曾经向熊文灿表达曰：“苟得一爵相加，当为效死力，东南半壁可高枕矣。”
于是，熊文灿向崇祯皇帝为郑芝龙请命，崇祯皇帝知道郑芝龙说的是大话，郑芝龙串起太快，不要说荷兰人仍然坚船利炮，不可憾动就是李旦、颜思齐手下也有不少海盗并不服他，此时的郑芝龙还不是日后那个横行四海的枭雄，当然，郑芝龙被招安，让他去和海盗、荷兰人斗，让福建暂时安定了下来，也是一件好事。崇祯皇帝于是授郑芝龙为海防游击，铸”五虎游击将军“印，又给了郑芝龙一块地，允许他在老家兴建豪华府邸，郑芝龙被崇祯皇帝感动，表示要誓死效忠大明。
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