一封攻击杨维垣的奏折引起了他的注意。原来杨维垣上书攻击韩爌，惹怒了倪元璐，倪元璐生于万历二十一年公元一千五百九十六年，字汝玉，号鸿宝，浙江上虞今属绍兴市人，倪元璐于天启二年进士，拜袁可立为座师。
倪元璐出典江西乡试。暨复命奏曰：”臣顷阅章奏，见攻崔呈秀、魏忠贤者必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔呈秀、魏忠贤？崔呈秀、魏忠贤既邪党矣，击崔呈秀、魏忠贤又邪党乎哉！东林，天下才薮也，而或树高明之帜，绳人过刻，持论太深，谓之非中行则可，谓之非狂狷不可。且天下议论，宁假借，必不可失名义士人行事，宁矫激，必不可忘廉隅。“
崇祯帝认为倪元璐的这个逻辑关系说得不错，既然自己将阉党定性为邪党，那么攻击邪党的就不可能也是邪党，而倪元璐所用廉隅一词，在此处乃是指端正的行为、品性，礼记儒行中有“近文章，砥厉廉隅。”汉书扬雄传上也有“不汲汲於富贵，不戚戚於贫贱，不修廉隅以徼名当世。”
倪元璐认为应该重新审查魏忠贤当权时的冤案：”自以假借矫激为大咎，于是彪虎之徒公然背畔名义，决裂廉隅。颂德不已，必将劝进建祠不已，必且呼嵩。而人犹且宽之曰：无可奈何，不得不然耳。充此无可奈何、不得不然之心，又将何所不至哉！乃议者以忠厚之心曲原此辈，而独持已甚之论苛责吾徒，所谓舛也。今大狱之后，汤火仅存，屡奉明纶，俾之酌用，而当事者犹以道学封疆，持为铁案，毋亦深防其报复乎？然臣以为过矣。“
倪元璐用事实来说明韩爌根本不是东林党人：”历年来借东林媚崔呈秀、魏忠贤者，其人自败，何待东林报复？若不附崔呈秀、魏忠贤，又能攻去之，其人已乔岳矣，虽百东林乌能报复哉？臣又伏读圣旨，有韩爌清忠有执，朕所鉴知之谕。而近闻廷臣之议，殊有异同，可为大怪。韩爌相业光伟，他不具论，即如红丸议起，举国沸然，韩爌独侃侃条揭，明其不然。夫孙慎行，君子也，韩爌且不附，况他人乎！“
崇祯皇帝读到这里点了点头，东林党内部并不是铁板一块，也混进了不少品行不良之人。倪元璐重申崇祯皇帝提出的天下为公、避免党争理念：”陛下明旨曰分别门户，已非治征，曰化异为同，曰天下为公，而杨维垣则倡臣为孙党、赵党、熊党、邹党之说。是陛下于方隅无不化，而杨维垣实未化;陛下于正气无不伸，而杨维垣不肯伸。杨维垣怪臣盛称东林，以东林尝推李三才而护熊廷弼也。抑知东林有力击魏忠贤之杨涟，首劾崔呈秀之高攀龙乎“
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