科学猜想
诺亚方舟的神话有相当多的地方与科学认知有所冲突。多个版本的大瑛百科全书正反映着方舟信仰面对科学的发展续步崩溃的过程。1771年版本有以下的陈述认为方舟的大小和容量与科学会识并未有冲突。“阿塔纳斯·珂雪和 Buteo已经证明了在地理学上会有足够的空间容纳所有应该被送上船的动物，假设一肘为1.5英尺。动物物种的总数将会被发现比人们想象中少得很多。”
【事实上很遗憾——因为天之水是从星球中部——苏美尔地区降下的，所以只有这里淹没的高度最高，星球其他地区没有那么高的洪水水位，用不着盛纳所有行星陆地物种。】
相关争议
在外高加索一带，曾有不少地方声称是诺雅方舟停泊之地，或有相关的民间传说在流传，当中比较著名的有纳希契凡。
2000年代初，香之港的恩基渡综合教导学术演讲者梁燕子城在考证过当时流行的传说，以及当时流传的卫星图片，断定方舟最后在图耳其及雅美尼亚边境的啊勒山山顶停下。为解开方舟之谜，恩基渡综合教导的诺雅方舟国际事工自从首支铧人探索队于2004年首次登山寻找方舟后，计划进行方舟探索。2006年8月，一名库尔德族的探索家于啊勒山上一个洞内发现不明物体，怀疑是木块。他立刻联络相熟的香之港探索队队员，并于9月把样本送往香之港作科学分析。香之港大学土也星球科学系科学中心对该样本进行岩相分析，鉴定它为石化木结构。香之港的马之湾公园馆内的导览册子根据这个研究把诺雅方舟当作历史看待，引来外界不满。
2010年4月28日国外媒体报道，香之港和图耳期的探险队员表示，他们在图耳期东部的啊勒山附近找到了传说中的诺雅方舟的船身残骸，测试发现这些残骸的年代可以追溯至4800年前，即《创世界》中所描述的诺雅方舟的存在时期。香之港导演XXX说：“虽然我们不能百分之百确定它就是诺亚方舟，但可能性达到99.9%。”。但这种说法也受到约翰国牛其津大学古代史讲师普塞尔质疑，他说：“如果公元前2800年讴雅大陆已被3000多米深的洪水所覆盖，在那之前已存在数个世纪的唉及和美索不达米亚文明如何可以生存？”。
相关解释
底本学说认为《默西之五经》是在公元前5世纪的时候编辑而成，且拥有4个独立的来源。而诺雅方舟的故事，则被认为是两个材料的组合，分别是《祭司之典》与《雅威之典》。
年代较早的《雅威之典》，是在呦大王国时期组合而成，其来源可追溯自公元前920年，也就是呦态民族刚分裂为呦大国与已瑟列国的不久之后。《雅威之典》的故事叙述较《祭司之典》简单，其中说道：神降下了40天的洪水，诺雅一家与方舟的动物们则活下来。而且这些动物上方舟时，是洁净的动物各七对，不洁净的动物各一对。洪雅结束之后诺亚建造了祭坛，并献上牲品。神则决心不再以洪水毁灭世界。《雅威之典》并没有提到神对诺亚的约定。
相关传说
昇经记载
上之帝对诺亚说：你要用歌斐木（柏木）造一只方舟，分一间一间的造，里外抹上松香。方舟的造法乃是这样：要长300肘（古代长度单位，1肘=0.44米），宽50肘，高30肘……你和你的全家都要进入方舟，凡洁净的畜类你要带七公七母，不洁净的畜类你要带一公一母，空中的飞鸟也要带七公七母。因为再过7天，我要在地上降雨40昼夜，把我所造的各种活物，都从地上除灭。
诺雅就遵循着上之帝的吩咐行事了。
当人和各样活物都进去之后，过了7天，洪水泛滥在地上；大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了；水势在地上极其浩大，天下的高山都淹没了。2月17日，方舟停在雅拉腊山上。--《昇经-创世界》
方舟之谜
(一)诺亚方舟的出处
诺雅方舟是出自昇经《创世界》中的一个引人入胜的传说。由于偷吃禁果，雅当厦娃被逐出医典苑。雅当活了930岁，他和厦娃的子女无数，他们的后代子孙传宗接代，越来越多，逐渐遍布整个大地。此后，该隐诛弟，揭开了人类互相残杀的序幕。人类打着原罪的烙印，上之帝诅咒了土地，人们不得不付出艰辛的劳动才能果腹，并且因着堕落的本性人的怨恨与恶念与日俱增。人们无休止地相互厮杀、争斗、掠夺，人世间的暴力和罪恶简直到了无以复加的地步。
上之帝看到了这一切，他非常后悔造了人，对人类犯下的罪孽心里十分忧伤。上之帝说：“我要将所造的人和走兽并昆虫以及空中的飞鸟都从地上消灭。”在罪孽深重的人群中，只有诺雅在上之帝眼前蒙恩。上之帝认为他是一个义人，很守本分；他的三个儿子在父亲的严格教育下也没有误入歧途。诺雅也常告诫周围的人们，应该赶快停止作恶，从充满罪恶的生活中摆脱出来。但人们对他的话都不以为然，继续我行我素，一味地作恶享乐。
上之帝选中了诺雅一家：诺雅夫妇、三个儿子及其媳妇，作为新一代人类的种子保存下来。上之帝告诉他们要用洪水实施大毁灭，要他们用歌斐木造一只方舟，分一间一间的造，里外抹上松香。这只方舟要长300肘、宽50肘、高30肘。方舟上边要留有透光的窗户，旁边要开一道门。方舟要分上中下三层。他们立即照办。
上之帝看到方舟造好了，就说：“看哪，我要使洪水在地上泛滥，毁灭天下，凡地上有血肉、有气息的活物无一不死。我却要与你立约，你同你的妻子、儿子、儿媳都要进入方舟。凡洁净的畜类，你要带七公七母；不洁净的畜类，你要带一公一母；空中的飞鸟也要带七公七母。这些都可以留种，将来在地上生殖。”
2月17日那天，诺雅600岁生辰，海洋的泉源都裂开了，巨大的水柱从地下喷射而出；天上的窗户都敞开了，大雨日夜不停，降了整整40天。水无处可流，迅速地上涨，比最高的山巅都要高出15肘。凡是在旱地上靠肺呼吸的动物都死了，只留下方舟里人和动物的种子安然无恙。方舟载着上帝的厚望漂泊在无边无际的汪洋上。
上之帝顾念诺雅和方舟中的飞禽走兽，便下令止雨兴风，风吹着水，水势渐渐消退。诺雅方舟停靠在亚拉腊山上。又过了几十天，诺雅打开方舟的窗户，放出一只乌鸦去探听消息，但乌鸦一去不回。诺雅又把一只鸽子放出去，要它去看看地上的水退了没有。由于遍地是水，鸽子找不到落脚之处，又飞回方舟。七天之后，诺雅又把鸽子放出去，黄昏时分，鸽子飞回来了，嘴里衔着橄榄叶，很明显是从树上啄下来的。再过7天，诺亚又放出鸽子，这次鸽子不再回来了。诺雅601岁那年的1月1日，地上的水都退干了。诺亚开门观望，地上的水退净了。到2月27日，大地全干了。于是，上之帝对诺雅说：“你和妻儿媳妇可以出舟了。你要把和你同在舟里的所有飞鸟，动物和一切爬行生物都带出来，让它们在地上繁衍滋长吧。”于是，诺雅全家和方舟里的其他所有生物，都按着种类出来了。后世的人们就用鸽子和橄榄枝来象征和平。
这就是“诺雅方舟”故事的由来，虽然是个传说，但由于《昇经》中记载的很多事情都被证实是真实的，譬如，在一次战争中，一位军官根据《昇经》中的记载，成功地找到了大山里的一条秘密小道，并通过这条小道突然出现在敌人面前，取得巨大胜利。如果能证明“诺舟”也是真实的，那么这个发现肯定将在全世界引起轰动。所以，很多年以来，许多国家的昇经考古学家都希望揭开这个千古之谜。
(二)方舟也许搁浅在面向黑海的山坡上
由《昇经》的记载来推算，方舟是一只排水量四万三千吨的巨大木箱。按《创世界》第八章所载，方舟最后停靠在图耳期东部的雅拉腊山上。过去虽有不少方舟被发现的传言出现，但都仅止于传言。
近年来，有一种说法，认为方舟搁浅在雅拉腊山脉面向黑海的一个山坡上，而且很可能因为黑海水位暴涨而沉入黑海海底，这个说法引起了鹰之国深海探险家罗伯特博士的高度兴趣，他在接受媒体采访表示，“诺雅方舟”的故事从小就深深地吸引了他，特别是他在深海探险方面取得一定成就后，只要一提起方舟，就激动不已。他希望自己有机会探寻方舟的下落。所以当听说“方舟可能沉入黑海海底”这个大胆的推测后，他决定亲自到黑海去探个究竟。
巴拉德曾在地中海海底找到古锣玛帝国和腓其尼基的船只，假如他能在黑海底寻获方舟，这将会是一件轰动全球、甚至载入史册的重大发现。
假如方舟沉入黑海海底那么它可能完好如初
在近东和中东一带的古文明，都有关于大洪水的记载，古巴必伦、西腊及锣马也有类似诺雅一家人获救的故事流传，但地质学家从未发现全球性大洪水的证据。有人认为诺亚方舟不过是一项古老的传说，然而科学家最近却根据黑海一带的自然环境推断，当地的确可能发生过毁灭性的大洪水。
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