克拉科夫大学，后改称雅盖隆大学，位于当时全国的政治文化中心——克拉科夫。
1364年5月12日，国王卡齐米日?维尔基修建了这所大学，是波兰第一所大学，也是继布拉格大学之后中欧的第二所大学，成立之初曾遭遇过资金短缺，学院成立许可被限制等问题，好在到十五世纪时已经基本解决，步入繁荣阶段。
作为文艺复兴的故乡，意大利文化在很大程度上也影响到了波兰，克拉科夫大学的建筑规模也都是仿照意大利大学而建设的。最初仅由文学院、医学院和法学院组成，1400年在克拉科夫翻新，增添神学院，总共设立了六个民法研究院、三个神学研究院、两个医学研究院和一个人文学院。亚里士多德的著作也被作为大学的教材。
学校在坚持教授治校的同时，实行民主管制，大学校长也是经过教授会民主选举。
当时克拉科夫大学中人数最多的是天文系。克拉科夫大学对于教师也有着极高的要求，只有获得硕士学位和最少有过两年教龄的，并且是法律、神学或医学这样一些高级系毕业的学生才能成为天文学系的正式教员，从而享有充分的选举权。
只有从事教学工作满四年的人才有资格担任该系的主任。系主任一般每半年选举一次，一年选举两次。
至于为何会提起克拉科夫大学？
因为他们如今已经坐上了驶向克拉科夫的马车。
时间过得很快，在知识的海洋中，在1491年秋，哥白尼与哥哥、诺瓦拉三人以优异的成绩从海乌姆诺中学毕业了。
瓦兹罗德准备将三人送进克拉科夫大学，不仅因为该校有丰富的教学资源，同时也因为瓦兹罗德本身毕业于克拉科夫，在这所学校中有更多的朋友、导师，他的挚友卡利玛和也在克拉科夫大学教书，能更好地照顾他们。
他们都没有什么意见，因为去发展更好的克拉科夫有机会得到更先进的资源，对于学习有利，并且小时候哥白尼的父亲尼古拉也曾几次带他们来首都旅游，所以这对于他们也有着情感牵连。
碧云天，黄叶地，深秋景象一览无余，马车车轮碾压在树叶铺就的路上，发出“飒飒”声响。
“快！你快看！这条街道上的秋天好美啊！”哥白尼本无所事事地趴在窗边看风景，突然激动地扯了扯旁边人的袖子。
诺瓦拉闻言也将头凑过去，确实是一条秋色满溢的小道，秋风还裹挟着落叶朝他们吹来，糊了哥白尼半张脸。
“噗嗤！哈哈哈，这叶子倒是挺有灵性。”诺瓦拉忍不住笑了。
哥白尼把脸上的落叶拿到手上，看了半响：“我要把它收藏起来，这可是我路上得到的礼物呢！”他兴致勃勃地说道。
“你或许可以把它当书签，很好看。”诺瓦拉想着现代的那些树叶书签，提着建议道。
“这想法不错！我可以把它夹在书页里！”
小插曲过后，车里的氛围又回归常态，虽然平静了些许，但还是充满憧憬，不少时候都在交谈。
过了十来天，终于从瓦尔米亚到了克拉科夫。
走到街道上，入目的是宏伟的宫殿和豪华的民宅，入耳的是四面八方的各种语言，而克拉科夫大学，则聚集了各地的青年才子。
说来也巧，当时哥白尼的二姐自从嫁给富商后，许多年都没见面了，而现在也生活在克拉科夫。
马车缓缓停在了二姐家的门口，房屋很气派，宽阔的大街上，一栋房子耸然挺立，大门两侧各有两根大柱，显得十分具有威严。
接到消息的二姐飞快地出来迎接，她拉住哥白尼的手，深情地说道：“哥白尼、安杰伊、还有小诺瓦拉，见到你们我真的很开心！”
哥白尼紧紧牵着姐姐的手，眼泪要落不落的说道：“二姐，我也很开心！”
站在二姐身边的有一位男士，身材很健壮，看到他们便带着微笑。
二姐平复好心情，跟他们说道：“这位是我的丈夫，也是你们俩的二姐夫。”
“二姐夫好。”仨人异口同声地说道，之前去的次数多了，便也让诺瓦拉跟着喊二姐了。
那位男士笑着说：“你们的姐姐可是和我提了不少次你们，快进来吧，以后这里就是你们的家，有什么疑问或者需要就来和我们说吧。”
“谢谢二姐夫。”看得出来二姐夫是一个和气的人，二姐过得也很舒适，他们真心为二姐能够幸福感到高兴。
当时的大学基本都住校，当然贵族子弟可以在城里单独租房住，但必须在某位教授的监督之下，他们虽然有外宿的条件，二姐夫也曾邀请他们住在他们家，但是为了更方便、更潜心下来学习，他们还是选择住在学生宿舍里。
克拉科夫大学采用文理并重模式运行，但无论学文还是学理，第一年都需要去文学院注册，需要修习一年文学课。
在语言方面，当时拉丁语是世界通用性的语言，如同现代的英语一样，克拉科夫大学的授课和交流也是使用拉丁语，而熟练掌握拉丁语的他们对此也没有顾虑。
“哥白尼，你有什么想选择的专业吗？”去教室的路上他们商量着。
“我想选天文学，可是天文学很难找到适合的工作，你有什么想法吗？”
诺瓦拉没什么犹豫地说道：“我想学神学和法学。”
“为什么呢？”哥白尼疑惑道。
“也是有工作方面的考虑吧，毕竟我们总是需要找到一份好工作的。”
“嗯，我想学法学和医学，或许我们可以先找到一份好的工作，再专心下来研究天文学，这样就没后顾之忧了。”
“嗯！我们可以这样。”
在接下来的一年里，俩人学着学校安排的文学科课程，哥白尼同样喜欢语言艺术，认为掌握多门语言才能走得更远，看得更广。
在克拉科夫，学生为了能通过期末考试，每天有义务至少上两堂课；为了获得最低的学士学位，起码要用两年时间读完11门课程，尤其是要学会分析亚里士多德的作品。
并且，在学习神学和法律学之前必须做的艰苦准备工作是需要提前掌握天文学、星占学、算术和乐理知识。
在重负之下，只有极少数学生才能坚持到底获得学位。
哥白尼在自身的天赋和努力下很快便成为星群里璀璨的明星，在大学一年级学习了拉丁语、波兰语、意大利语、罗马史、神学、法学、哲学和逻辑学等多门课程，为后面钻研和研究打下坚实的基础。
诺瓦拉在学习中也渐渐有些吃力，他一直都不是天赋型选手，又是几乎完全不同时代和知识体系的碰撞，展现出来的学习能力仅仅是因为习惯了高压的学习和部分知识的连接，还有多年来在这个时代积累的知识。
不过虽然吃力，但还是能跟上，比起学校里的普通学生，也算得上是名列前茅了。
到了大学第二年，哥白尼和诺瓦拉开始认真进行专业学习。
学校并没有限制只能选择一两科进行学习，俩人都进行了很多方面的涉猎以及深挖。
天文学那时并不以研究天体运功规律为目的，而是为了准确地计算所有不同节日在具体年份的准确日期以及培养“占星术士”。
绝大多数学习天文学的人，都是为了掌握占星术而成为达官贵族乃至国王的座上宾。
西方拉丁世界对占星学预测的兴起，至早可以回溯到12世纪。当时，五花八门的阿拉伯占星著述涌入这里，其中最有影响力的是阿尔布马扎所著的《占星学导论》。书中强调了行星大会合所带来的巨大效力。
很快，许多中世纪医师也被占星术的前景所吸引，开始在行医中利用天象来诊断病情、判断预后。后来，14世纪出现的“人体黄道带图”，14世纪中期的“黑死病”，15世纪的“法国病”，人们开始转而相信占星术这样看似偶然的解释。
总之，就像奥拉夫?佩德森所洞见的：“占星术已经到来，许多学者开始认为，天文学的主要意义只是占星活动的理论引导而已。”
而哥白尼不是这种想法，他并未将它视作自己未来谋生的的手段，也未将其束缚于占星的目的中。
1492年，哥伦布发现了美洲，这是天文学的进展以及与航海业之间紧密相连的联系。他的航行虽然没有直接对天文学产生显著的影响，仅有磁偏角的初步测量有所涉及（这个更多是在航海技术方面的进步），但是当时航行的成功是基于地图和天文学的知识，所以，作为指导哥伦布前行的天文学，也在这一时间以极快的速度发展了起来。
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在克拉科夫大学求学期间，哥白尼和诺瓦拉虽由于学习重心不同，有时候不在一起学习，但是除了课程外的时间，俩人依旧是形影不离。
诺瓦拉从一个在学习上几近闭门造车的性格，慢慢转变为主动向老师提问，这也少不了哥白尼的带领。
他总是积极的。
无论是先前的沃德卡老师，还是如今的天文学导师沃伊切赫，都是哥白尼好问的性格在他们那留下了深刻印象。
沃伊切赫是当时欧洲最著名的天文学家之一。在克拉科夫大学，他担任数学和天文学教授，同时他还是一位具有新思想的人文主义者。
他以其独特的眼光和一流的教学艺术，经常让学生们发表意见，自己来做精辟的总结。并且，沃伊切赫对托勒密的地心说提出过异议，并把这种观点委婉地传达给学生。
有一次课堂上，沃伊切赫提出两个问题。
“第一个问题是：当月亮围绕地球转圈时，你们觉得它的轨道是什么形状？第二个问题是：你们看到过月亮的后脑勺吗？”
话音一落，教室里仿佛炸开了锅，大家从来没有思考过这个问题，一时间到处都是议论声。
“月亮的轨迹都是圆形吧，书上是这么说的。”
“月亮不是用一面对着我们吗？”
“可能沃伊切赫教授有新的发现了吧，我猜是这样的！”
哥白尼拐了一下隔壁桌正在发呆的人，兴致勃勃地问道：“你觉得是怎样的？我觉得是圆形的！”
“为什么呢？”
“因为古人说过圆是完美的几何图形。”
“所以诺瓦拉，你觉得轨道是什么形状的？”
“我觉得……运行轨道是椭圆的。”
“椭圆？！”这个想法让哥白尼从没想过，不禁感觉到讶异。
还未等诺瓦拉解释，就被打断了。
沃伊切赫给足了学生们讨论的时间，然后才开始询问：“好了，现在有没有人来回答我们的问题呢？”
哥白尼想了想，还是打算回答，他站起来说道：“教授，我认为轨道是圆形的，因为我曾在古书上看到过说圆是最完美的几何图形。”
沃伊切赫吃惊地说道：“你还研读过古书？”
哥白尼这下骄傲地回答：“是的，读过一些，教授。”
沃伊切赫点点头示意他坐下，“诚然，哥白尼同学说得很不错，古人也曾如此提出过观点，一千多年来也是这样认为的。”
他略微停顿，又继续说。
“但我的眼睛告诉我，古人认为月亮的轨道是圆形是一种错误的观点。事实上，真正的月球轨道是椭圆的。”
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