夜晚的海面是那么的宁静皎洁的月光洒在大海上，只见出云号航母的舰岛上的驾驶室发出微弱的灯光。
他们已经被美海军联队发现，而且已经向他们发出信号，一支神秘的美海军编队正在执行常规巡逻任务。风平浪静，月光洒在海面上，波光粼粼，突然雷达屏幕上出现了一个不明物体的信号。舰队指挥官立刻警觉起来，下令全体进入战斗状态。可惜出云号没有办法回复，美军也不知道是敌是友，里根号航母紧急弹射起飞两家F18大黄蜂战斗机。
出云号现在就像一个病人一样手无缚鸡之力，一群人手忙脚乱的维修各种设备，他们还不知道自己闯入的美国海军编队的警戒范围。很快两家F18舰载机在空中发现了他们，船头三个像风筝一样的滑翔伞格外显眼。飞行员很快报告给舰队，看到船上的旭日旗将情况汇报上去。“这里是夜鹰1号发现日本航母，他们失去了动力”呼叫他们也没有回复”
出云号上的观察手也发现了天上的飞机，报告给了舰长，舰长说立马发求救信号。很快三颗照明灯腾空而起，SOS求救信号发出，收到信号的飞行员将情况报告给了舰队。
但是不幸的是出云号现在依然是变异巨兽猎杀的对象。但是美军却不知它们遭受了什么，而另一方面日本海上自卫队的预警机已经找到了他们。航母上的电子设备纷纷瘫痪，通讯中断，雷达失效，整个航母陷入了一片混乱。舰长佐藤一郎疯狂地指挥着士兵们进行抢修，但一切都为时已晚。就在这时，海面上突然掀起了巨大的波涛，一个庞然大物从海底缓缓升起。
士兵们惊恐地发现，没错就是它，刚刚见过的袭击苍鹰号巨型怪兽。它的身躯犹如一座小山，身上闪烁着诡异的绿色光芒，那是核辐射的标志。原来，多年来人类在太平洋上进行的核试验以及核废料的排放，导致了海洋生物的变异，这只巨兽便是其中之一。
空中的预警机迅速联系美海军编队，将他们遇到袭击的事情告诉了他们。预警机队长山本也宽拿起无线电联系：这里是日本自卫队海上保安厅，有情况汇报美海军联队长。对方回到：“请说”山本也宽说道：出云号航母遇到变异巨兽袭击失去动力，电子设备全部失灵。而且变异巨兽已经出现，对你们也是一种威胁务必支援。美航母编队山姆埃姆斯将军下令派一艘宙斯盾级驱逐舰前去支援，其他船只驶离这片海域，让空军战机在空中警戒。
另一方面变异巨兽已经发现了出云号，开始了报复行动。日本人排放核废水造就今天变异的生物，自然日本人就是报复的对象。它的眼睛闪烁着血红色的光芒，透露出无尽的凶残和杀意。
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