北魏孝文帝得知南齐内乱四起便趁机大举入侵，亲率数十万起兵直抵寿阳城（安徽）。心情不错的他还特意登上了附近的八公山，据说西汉的淮南王刘安与八位友人曾在那里寻仙问道，因而取名“八公”。之后魏军在进攻义阳（湖北）时，遭到萧衍的顽强抵抗，他趁夜走小路绕到敌人后方，然后出人意料地与接应的友军前后夹击，成功大败了他们。眼见前线进攻受阻，孝文帝又转而攻向钟离（安徽），结果迟迟没有进展，还死伤了众多将士，最终只得灰溜溜地率军返回——不得不说，虽然孝文帝十分仰慕汉家儒学文化，并努力地改变了鲜卑的野蛮风俗，然而比起当年一路打到建康的太武帝拓跋焘，战力实在天差地别。
返回后的孝文帝继续他的迁都大计，将北方的宗庙、嫔妃以及文武百官陆续迁往洛阳。当时孝文帝亲近的多是汉人儒士，引起了宗室亲族的不满，再加上很多鲜卑人留恋故土不愿南迁，于是相聚作乱，就连鲜卑故乡代地的名门望族也大多参与，不过最终还是被孝文帝镇压。
497年，距离孝文帝去世还有两年，壮志未酬的他第二次率军南征，想要实现一统天下的夙愿，全军号称百万，据说吹口气都能让尘土飞扬。结果刚刚抵达，就被齐军坚固的防御挡在一座小城之外无法前进，无奈只得绕路新野（河南），结果又久攻不下。之后好不容易以十倍的兵力打败了前来援救的萧衍，但后方腹地却又遭到齐军偷袭而不得不回防。
不久萧鸾去世，将皇位传于次子萧宝卷——后世将他称为“东昏侯”，也是个不折不扣的败家子。萧鸾生性猜忌，不相信他人，他如果想向东出行就会对外宣布向西，如果想向南出行就会对外宣布向北，就连得病之事也一直隐瞒到实在撑不住时才说。
萧宝卷即位后，认为萧鸾的尸体摆放在大殿不吉利，一直催促入葬，多亏底下重臣抗争才同意安置。之后他每次哭丧时，都说喉咙痛，甚至有时哭着哭着还能笑出来。他在做太子时就不好学，喜欢无节制地嬉闹，性情内敛很少说话，也就是现在说的“社恐”，所以等到即位后，就更加不与朝堂的官员们接触，只信任身边的宦官侍从。萧宝卷还有着刘昱那样的“杂技”天赋，能够表演牙顶旗杆，就算不小心把牙齿崩断了也仍乐此不疲。
正在进攻的孝文帝得知萧鸾去世后，竟宣布撤军返回了洛阳：“按照礼教，不能讨伐有丧事的国家。”——可见迂腐之学，实在害人。
孝文帝本想等齐国发丧完毕后再行进攻，结果没过多久自己也生了重病，无法处理朝政。临死前，他仍然心心念自己的改革成果，不断询问当地官员城中不愿脱去胡服的族人还多不多。
当年战国时期，赵国的武灵王不顾所有人反对，强令子民“胡服骑射”来效仿外族以加强战斗力，结果数百年后，外族首领孝文帝却要求子民“汉服弃射”来学习汉人文化，却反而削弱了战力，不得不令人慨叹。
之后齐军反攻，侵入了北魏国境，孝文帝不得不强托病体率军亲征，终于打退了敌人，然而他的身体也已有如风中残烛，最终病逝于南齐境内——安徽省谷塘原。
孝文帝天生力大，年少时就能用手指弹碎羊骨，还擅长射箭，弹无虚发。他一向疼爱兄弟，曾经淡然对他们说：“朕的后代子孙假如不孝，你们能帮忙就帮忙，如果不能辅佐就夺了他的权位，我也不会怪罪的。”除此之外他还喜欢聆听谏言，所以往往能够发掘贤臣，常说：“为君者，最应该担心的是处事不够公正，待人不够诚恳。如果能做到这两件事，无论胡人还是汉人都能与他们相处如兄弟。”孝文帝执法严格，即使对心腹亲属也不会包庇，但如果别人只是犯了小错，他也往往都会宽容放过，曾在食物中吃到虫子，在侍从送上羹汤时被他们烫伤，也都笑着没有追究——总之，孝文帝是一个好人，也是一个好皇帝，但却不是一个好的鲜卑首领，他将一切风俗都强行汉化的行为也导致了日后拓跋氏政权的土崩瓦解。
身边人担心孝文帝去世的消息会招来敌军，所以秘不发丧并暗中通知太子，然后全军迅速向北撤退。
499年4月12日，太子元恪即位。
元恪即位后，担心总揽朝政的诸位叔父居心叵测，便找机会将他们全部罢黜，收归了权力。但他自己又常年患病，没有能力亲政，于是又将事务交给了身边那些宦官佞臣打理，王公大臣平日都很难见到他，北魏的朝政也日渐衰落。
而身处南方的萧宝卷也半斤八两，同样不理政事，宠信奸小，朝中大权被六名显贵重臣把持。萧衍看此形势便提早规划，带领自己的兄弟们远离京城避祸，并暗中集结骁勇培植势力。有人劝他投降北魏，萧衍大怒：“投降北魏最多不过被封为一州刺史，现在朝中不过一帮小人用事，又何须畏惧？即使将来他们真的咄咄逼人，我也会横渡长江，截断建康的救援，将天下大事掌握在自己手中。”
由于萧鸾的言传身教，萧宝卷很早就明白了“做事不可屈居人后，宁可错杀也要斩草除根保全自己”的道理，所以很快就开始大肆屠戮功臣，使得满朝文武人心惶惶。
不过萧宝卷的运气也着实不错，在他的暴行下，几个兄弟与前朝名将接连反叛却都被平定，使他这个皇位做得稳如泰山。之后他更加放肆，经常出宫游玩彻夜不归，由于社恐，他不想别人看到自己的庐山真面目，于是每次微服出巡都要戒严清道。有一次一位妇人因突然生产而不得已停留在道路上，萧宝卷看到后大怒，当即下令剖开她的肚子看看婴儿是男是女。后来他甚至命令守卫在街上拉起密密麻麻的帷帐来罩住自己。当时各地接连发生叛乱，每当有将领需要外出平叛时，还得先由萧宝卷下令将街上的帷帐除去才能顺利出城。
之后叛军攻入建康，包围皇宫长达十二天，多亏萧衍的哥哥及时护驾才将他们击败。得意的萧宝卷抓到谋反的兄弟后，又拿出了最擅长的帷帐将对方包裹起来，然后命令几十个人在帐外绕圈奔跑并说：“这就是我被你包围时的感受。”
不久宫中失火，由于萧宝卷还在外出游玩，看门的护卫不敢擅自开门，导致烧死了很多人。结果萧宝卷得知后，不光不生气，反而认为这是老天在鼓励他建造新的宫殿，也没有统计死伤人数。为了满足他的奢侈花销，建康城收授的酒税都要求折合成黄金上缴，导致金银珠宝的价格上涨多倍。萧宝卷身边的心腹也趁机作奸谋利，要求各州县加征十倍的赋税来中饱私囊，百姓的负担越来越重，经常有人在道路上嚎哭。
萧衍的哥哥入宫救援时，萧衍就曾建议：“如果你平叛成功，就会立下难以奖赏的功劳，即使贤明的君主尚且会猜忌，更何况现在混乱的朝廷？所以你要么趁机行废立之事，要么立刻上奏请求返回本地驻守，决不可接受高官厚禄。没有兵权，再高的地位也是无用！”这便是最早“枪杆子中出政权”的思想，可惜萧衍的哥哥没有采纳。当时萧宝卷整日外出不在宫中，想要发动政变其实轻而易举，但萧衍的哥哥却仍忠心耿耿，迟迟不愿反叛，结果最终反被萧宝卷赐死。
萧宝卷还想派人刺杀萧衍，结果消息走漏后，萧衍特意设宴款待前来的官员并说：“听说陛下让你来杀我，现在趁大家清闲，正好可以动手！”说罢哈哈大笑。
之后萧衍将自己积蓄多时的军力全部征调，得到一万多全副武装的将士，一千多匹战马和三千艘船，终于起兵于襄阳。萧宝卷立刻下令荆州将士前去讨伐，但众将看到萧衍哥哥的前车之鉴后全都不愿再为他效力。不久，萧衍就成功策反荆州的将帅，然后传檄天下历数萧宝卷的种种恶行，并扶持他的亲弟弟萧宝融为新皇。
属下建议萧衍先厉兵秣马，等到将萧宝融接过来能够“挟天子以令诸侯”之后再进军，萧衍反对道：“起事靠的是一鼓作气，哪怕立刻出兵都唯恐落于人后，又怎能手握重兵而不动？假如最终战败，即使富有四海又有什么用？如果取胜，那么即使没有天子在侧，谁又敢不服从我？”
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