根部，若木叶是一棵大树，那么为特种暗杀部队输送人才的培养机构，便被首领团藏自诩为根。根不止为大树输送营养，也在不见天日的土壤中默默活动着，为大树的成长扫清一切障碍……这就是团藏为根部做的展望。
因此，真实的根部基地，亦向树根一样扎身于木叶地底，总体呈现出天井形状，连廊纵横交错，两边密布着房间。
“日斩，真是太天真固执了。”
团藏踩着木屐，拐杖也敲击着地面，发出嘎吱与咚咚的响亮声，他在连廊上走着，朝天井最下方而去，一边脸色深沉道：
“从建村开始，哪次对村子造成伤害的大事件，没有和宇智波有关？老师那样深明远虑的人，不止一次说过：对那天生邪恶的一族，再怎么小心都不为过……可他，一直对宇智波不停姑息。”
随行在团藏身边的根部忍者，置若未闻，维持缄默。
团藏倒也没有再说什么骇人的话语，只是冷哼着，径直走到天井下方的一间不起眼房间前，推开门走进去后……房间却是颇大，遍布着许多的仪器设施，以及充满营养液的几十个透明玻璃实验箱，部分玻璃箱里还有有些人浸泡在营养液里，有正常的、也有不正常的畸形儿，十来个穿着白大褂的根部忍者，正在这些仪器设备中不停忙碌着。
看了几眼，团藏便走到其中一个浸泡有孩童的玻璃实验箱前。
这是一个男孩，右边小半个胸口诡异生长着抽芽的树枝，其扎根在男孩身上的胸口处是一片白色的皮肤，像刚长出来的新肌肤，一直延伸到男孩右臂，而那右臂上，更是渗人地镶嵌着数颗眼睛，有纯白眼眸……也有勾玉转动的红眼……
在这个玻璃试验箱前调试设备，记录数据的，正是被吸纳进暗部的木叶医疗部队小队长药师乃纳之子，药师兜。
“团藏大人。”
“有进展吗？”
“您给的那份数据，对研究很有帮助，这具实验体，在移植了被封印大部分活性的柱间细胞后，对其他肢体的排异反应就有所减弱。”
药师兜扶了扶鼻梁上的镜框，镜片反射着灯光，看不清他的目光。
他接着说道：“这其中，写轮眼的相性，出乎意料地与柱间细胞相性更好，但碍于实验素材的稀缺，无法做更多实验，获取更多数据。”
“这样吗？”团藏语气平静，拐杖触击地板的节奏却加快了些许，“继续保持研究。”
“是。”
团藏在照常询问了其他项目的实验进度后，就退出了房间。
穿过连廊，走到天井对面，他的办公室前，他就挥手斥退了随行的根部忍者，推门进去，关上门，到办公桌前做下，拉开抽屉，从里面拿出一个卷轴放到桌面上，将其打开了来。
只见在昏黄的灯光下，卷轴里隐隐约约布着几个字——伊邪那岐……
团藏盯了卷轴里的内容许久，才语气深沉的低声道：“日斩，自九尾之乱后，村子里就长了一颗肿瘤，你行事太过优柔寡断了，殊不知这只会对村子百害而无一利，顽疾重症，须得快刀斩乱麻，下重药才行……也是，你是火影，代表着村子的光明，那些不光明的事情，就由树根来替你做了吧……”
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