翌日渡江，停泊燕子矶。四月三十日，闻讯福王到达的南京诸臣都前来叩见。
当时朱由崧穿着角巾葛衣，“旧枕敝裘，孑影空囊”，十分落魄。
他在答兵部劝进之书时说：“国母（邹妃）尚无消息，支身避难，宫眷未携一人。初意欲避难浙东僻地，迎立决不敢当。”
当群臣行礼时，他“皆以手扶，待茶款语，极其宽和”，并竭力推辞群臣劝进，说： “封疆大计，唯仗众先生主持。”
经过三推三让，朱由崧勉强接受劝进，于五月初一日从南京西南的三山门处离船登岸，在诸臣簇拥下先乘轿由南京城外直至孝陵门前，祭告明太祖，其后又特地祭拜懿文太子朱标。
随后，他从正阳门进入南京城，直至东华门入皇城，下马步行通过皇极殿，参拜奉先殿，之后走出西华门，离开皇城，进入行宫（内守备府），接受文武百官的觐见。
他传令大臣上殿共商战守之策，史可法上殿后说：“王当素服郊次，发师讨罪，示天下以必报仇之义。”
朱由崧只说“是”，但没有具体答复。接着徐弘基及内守备等各有所奏，朱由崧仍是倾耳静听默不作声，于是宣布退朝，次日再次接见群臣。
当天，南京群臣决定朱由崧先以监国名义上台，然后登基，于是上第一道劝进表，朱由崧表示只同意监国，第二道劝进表上来时，朱由崧坚持只监国。
翌日，朱由崧行监国告天大礼，并宣布初六日为崇祯帝发丧。
五月十一日，群臣上第三道劝进表，朱由崧正式接受，择日登基。
五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京武英殿，改元弘光。
他在登极诏中痛斥“潢池盗弄”，发誓复仇，同时颁二十五款新政，包括减免钱粮，整顿漕粮，激励垦屯等项内容，不过只字未提当时已入据北京、真正能威胁南明的满清政权。
朱由崧求助于三镇军阀拥立，对以后的局势变化产生了重大影响。
最直接的作用即是使他自己得偿心愿，顺利地登上了至尊的宝座。
而间接影响，则是江北诸镇以“天子恩人”，“从龙元勋”自居，南京从皇帝到重臣再没有人可以控制这支飞扬跋扈的军队。
从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。
其实，高杰与黄得功、刘良佐等都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下各怀心事，却不乏良将猛士。
倘若朱由崧稍有他祖上明太祖、明成祖的权谋阅历，只要驾驭得当，完全可以在仰仗三镇拥立之时，施加手段影响，使三镇为己所用。
可惜，朱由崧继承了乃父的心宽体胖，却没有继承乃祖的雄才武略。
求助于三镇而得帝位，已算得上是他的超常发挥，想做皇帝心切，一开始就高开了价钱，自贬了身价。
三镇也看清了朱由崧乃是阿斗，从此对他的权威再也不屑一顾。
朱由崧在执政期间，沉湎于酒色之中，掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人也是醉生梦死，利用手中的权力鬻官肥家。
阮大铖公然以行贿作为理财妙方，弘光朝廷刚刚建立便露出亡国之象的政以贿成，腐败已极，由此可见一斑。
顺治二年（弘光元年，1645年）三月初一，有自称崇祯太子朱慈烺者至南京，朱由崧命令将其关入兵马司监狱，后命百官审北来太子于午门外，终裁断为伪太子王之明。
宁南侯左良玉乃举兵于武昌，称奉太子密诏，以“救太子、诛士英”为名顺流而下，进逼南京。
黄得功、阮大铖率兵御之，南明发生内讧。正值此时，清兵在豫王多铎率领下大举南下，攻陷归德、颍州、太和、泗州、徐州等地，渡淮河，兵临扬州城下。
四月，清兵围攻江北重镇扬州，史可法急忙向朝廷求援，但却因为镇将们个个拥兵自重、意图观望，最终扬州沦陷，史可法殉难。
五月初八，清兵自瓜洲渡江，镇江巡抚杨文骢逃奔苏州，靖虏伯郑鸿逵逃入东海，总兵蒋云台投降。
五月初十，朱由崧传旨放归所选淑女，当天午夜尤召梨园入宫演剧。
翌日凌晨二漏时，朱由崧率内官四五十人骑马出通济门，莫知所踪。
天亮后百官入朝，见宫女、内臣、优伶杂沓逃奔西华门外，方知朱由崧已出逃。
南京城内大哗，马士英携邹太后出奔，市民救北来太子出狱，扶其入宫，在武英殿即位。
顺治二年（弘光元年，1645年）五月十二日，朱由崧至太平府，以按察院为行宫，寻即移驾芜湖，投奔江北四镇之一的芜湖守将靖国公黄得功，他尚对京城变故一无所知。
当知道自己的“天子门生”是张皇失措，弃都而来时。
内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位新君效忠到底。
顺治二年（弘光元年，1645年），清兵攻打重镇扬州，史可法率城中百姓抵御清兵，清兵围困扬州，损失惨重。
史可法急忙向朝廷求援，朱由崧却没理他，最终因寡不敌众，扬州沦陷，接着清兵直逼南京，明军守军弹尽粮绝，眼看南京就要沦陷，正在与爱妃饮酒作乐的朱由崧急忙进宫召集大臣商议，那些平时只会阿谀奉承的奸臣一句话也没说。
顺治二年（弘光元年，1645年）五月十五日，清兵进入南京，魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济等人剃发降清。
清兵攻克南京后，多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。
众叛亲离的朱由崧只好和爱妃逃到芜湖，清兵追来，朱由崧只好与清兵作战。
明军支架不住，五月二十二日，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给清兵。
豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。
五月二十五日，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。
多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。
宴罢，拘弘光帝于江宁县署。
顺治二年（弘光元年，1645年）闰六月，隆武帝朱聿键即位于福州，遥上朱由崧尊号为圣安皇帝。
当年九月，朱由崧与皇太后邹氏、潞王朱常淓等人被押送至北京，安置居住。
清太医院节日时馈宴，朱由崧酣饮极乐。
顺治三年（隆武二年，1646年）四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。
五月，弘光帝与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧以弓弦勒毙），年仅四十岁。
朱由崧王妃黄氏之弟黄盐梅购得棺木，与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。
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