任重庆知府。为防御之需，彭大雅竭尽全力拓修重庆城，向北扩至嘉陵江边，向西扩至今临江门、通远门一线，范围大致比李严扩建的江州城扩大了两倍，奠定了此后直至明清重庆古城的大致格局。南宋景炎三年，元至元十五年（1278年）正月，重庆被蒙古军队攻破，入城时蒙军遭到激烈抵抗，后蒙军在重庆大肆屠杀。而合川钓鱼城直到南宋祥兴二年，元至元十六年（1279年）才被占领。钓鱼城保卫战长逾36年，写下了中外战争史上罕见的以弱胜强的战例，因此被欧洲人誉为“东方麦加城”、“上帝折鞭处”。
元世祖至元十六年（1280年）立重庆路总管府，管辖四川南道宣慰司，隶属于四川行省。
元顺宗至正二十年（1360年），农民起义军领袖明玉珍建都于此，国号“大夏”，辖今重庆、四川、贵州、云南等地。
明太祖洪武四年（1371年），平夏，复改为重庆府，隶属于四川布政使司，辖2州、11县、1厅，包括巴县、江津、长寿、永川、荣昌、綦江、南川、合州、涪州、铜梁、大足、璧山、定远、江北厅。
折叠清朝时期
1876年9月13日，英国以“滇案”为借口，迫使清政府签订了中英《烟台条约》，其中规定英国可向重庆派驻领事。
1890年3月31日，中英签订《新订烟台条约续增专条》，确定重庆作为通商口岸。随后英商开辟从宜昌到重庆的轮船航线。同年，英国在重庆设立总领事馆。
1891年3月1日，重庆海关在朝天门附近设立。
1895年，清政府在甲午战争中被日本打败，根据当年4月签订的《马关条约》（日称为《日清媾和条约》）中规定，重庆成为中国第一批向日本开放的内陆通商口岸。
1896年，法国、日本、美国分别在重庆设立总领事馆。
1901年，日本在今南岸区王家沱设立了日本租界。同年，法国在今南岸区弹子石附近先后建立了水师码头和兵营。
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