得到验证后，朱以潢安排大明周报，把新方法刊登，传达到各地，一时大明、新大陆、南洋、南大陆等地掀起牛痘接种热潮。
大多数人认为明末大瘟疫是鼠疫，但是满清记录的是天花，朱以潢觉得各有道理，应该是两者皆有，鼠疫应该是持续干旱引起的，天花应该是草原带过来的，草原上太多重要人物死于天花。
天花病毒潜伏期约半个月，感染后，人会发高烧、全身无力、恶心想吐，脸上、胳膊上、腿上还会出现红疹，慢慢化脓、结痂。患者在咳嗽、打喷嚏、交谈时，病毒会通过唾液传播出去。感染者接触过的衣物等也有了传染性。
因无特效药，死亡率很高，只能预防......
明末大瘟疫又称京师大瘟疫，1633年，山西首次爆发。当时赶上李自成起义，再加上满明两军频繁交战，导致瘟疫在华北迅速蔓延。崇祯十四年，瘟疫传入北京，迅速造成京城大量人员伤亡。1644年，至少30%的北京人被鼠疫夺去生命。
解决完天花，吴有性全身心投入鼠疫研究中，不过对于鼠疫吴有性是专家级别的，有自己的一套治疗方法，吴有性的药方对非典亦有疗效。
吴又性着有《温疫论》一书，在该书中所列瘟疫病种有发颐、大头瘟、虾膜瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟，以及疟疾、痢疾等急性传染病。
提出不能把这些疫病当作伤寒来治疗，否则会增加死亡率，症状相似，实际上由时气、伏气、瘴气所致，说白了就是病毒入侵导致。
而且特别提出了从口鼻而入，而不是古代人常常认为的从皮肤而入。
吴有性指出病毒来势凶猛，遇上身体素质稍差的人，就很容易感染致病。但如果身强体健或者病毒毒性较弱，那么感染后就存在不发病或晚发病的可能。
创立了达原饮一方以治疗瘟疫，甚至非典时候还立下大功。由方中槟榔、厚朴、草果、知母、芍药、黄芩、甘草七味药材组成，主治疗瘟疫。吴氏又创立三消饮、白虎汤、瓜蒂散辅助治疗，达原饮加入大黄、羌活、葛根、柴胡、生姜、大枣就成了三消饮。
朱以潢除了对吴有性的医术无比敬仰外，亦对吴有性的人品十分敬佩，为了民族气节，宁愿被处死都不要剃发，妻子携子投河殉情，这是好多人做不到的，作为济世救人的医者，做出如此举动，令一些明末大人物汗颜。
亲自把吴有性请过来：“吴大夫，鼠疫是非常严重的瘟疫，死亡相当高，一旦发病，根本来不及医治，吾经过思考再三，想让你出几个配方，熬成药，然后瓶装起来，用瓶装起来，发送到北方各地，以备不时之需，发生鼠疫时直接饮用。”
吴有性：“世子，老夫倒是有几个方子，能治疗鼠疫。达原饮、三消饮、白虎汤等，如果能装瓶子里储存起来，快速发放到患者手中，将会挽救无数感染者，功莫大焉！”
根据药方，朱以潢成立泰兴制药作坊，生产相关试剂，免费发放到北方各地。做完这一切，朱以潢感觉大明已无大危机。
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