人称郑玄“着书满家，从学数万”（《经学史》）恐怕不是虚言，他的弟子总数当不会少于万人。据后人辑佚的《郑志》和《郑记》记载，郑玄在进行教学时，注意采取问难和启发的方式，师徒们锲而不舍，切磋琢磨，治学态度十分严谨。
《食旧堂丛书》中《论语郑注》记下了这样一个故事：《论语》评《诗经》有“乐而不淫，哀而不伤”的话，郑玄注曰：“乐得淑女，以为君子之好仇，不为淫其色也。寤寐思之，哀世夫妇之道。不得此人，不为减伤其爱也。”
但是，郑玄在给《毛序》是以“《关睢》乐得淑女以配君子，爱在进贤，不淫其色，哀窈窕，思贤才，而无伤善之心焉”作笺时却说：“哀盖字之误也，当为‘衷’，衷谓中心恕之，无伤善之心，谓好逑也。”
这引起了弟子刘琰的怀疑：注《论语》以“哀”释之，注《毛序》又解作“衷”字之误，为何前后不一致呢？郑玄赞赏刘琰的用心思考，他回答说：“《论语注》人间行久，义或宜然，故不复定，以遗后说。”
就是说，应采取实事求是的态度，拿不准的就不强作结论，以免贻害后人。博闻、阙疑，慎言其余，郑玄不仅治学如此，也教育学生要如此。
《食旧堂丛书·郑志》记有郑玄与弟子赵商的一段对话，是由《诗·商颂·长发》的序文引起的。《毛序》说：“《长发》，大禘也。”
郑玄笺曰：“大禘，郊祭天也。……”
这中间牵涉到很复杂的祭礼问题，赵商引古籍不同意郑玄的解释，郑玄在进行了一番说明后批评弟子说：“探意太过，得无诬乎！”
在与赵商的另一次谈话时也说：“天下之事，以前验后，其不合者，何可悉情？是故，悉信亦非，不信亦非。”
从这些师徒间切磋时的随意性谈话中可以看出，郑玄教育学生是很注意问难式、启发式和因材施教的，这是对孔子的传统的继承和进一步发展。而其教育方面的突出成就，又促进了其学说的传播，终得大行于世。
思想
郑玄存在神学思想，认为有人格化的天神存在，它是宇宙万物的创造者和最高主宰。如其《尚书五行传注》说：天生五材，民并用之。其政道则神怒，神怒则材失性，不为民用。其它变异皆属珍，珍亦神怒，凡神怒者，日月五星即见适于天矣。一事失，则逆人之心，人心道则怨，木、金、水、火、土气为之伤，伤则冲胜来乘珍之，于是神怒、人怨将为祸乱。故五行先见变异以谴告人……
这种天人感应的谴告说，不外乎宣扬君权神授，神化君主。他还进一步认为，如果君主的行为符合天神的意志，就会由上天降下种种嘉瑞、符瑞以示隆兴；反之，若君主过失，上天则会降下种种灾异以示警告。由此进一步推论，则人的生死、贵贱、贫富、祸福都是由天命决定的，所以应该恭顺天命，服从封建统治。
另一方面，他还神化阴阳、五行，用阴阳气的盛衰解说事物的变化，以君子属阳，小人属阴，社会之所以乱，乃是阴气过盛即小人当道的结果。所有这些，都是成体系的，并非偶然的提及。当然，这些思想并未超出汉代“天人合一”唯心论思想的范畴，很少有郑玄个人的发明。但他遍注群经，将这些思想融于对经文的解释之中，而且其中又进行了一些系统化的工作，这就将唯心主义神学哲学进一步发扬光大了。总的看，郑玄的哲学思想并不是进步的，但也未尝不具有积极意义，因为它另一方面也强调人的主观能动作用和对自己命运的信心，只要按照天意——实际是某种客观规律——办事，就有可能招致好的结果。
郑玄的政治思想。与其神学哲学观相联系，郑玄在政治上是保守和正统的，他认为封建制度是合理的和永恒不变的，符合天意的，因而积极维护封建统治的中央集权制，反对地方割据势力。从这一点出发，他极力宣扬忠君思想，强调地方服从中央，地方要以“顺道”来事奉君主。他认为，人臣为君而死就是尽忠，是义、勇兼备的行为；而正直、刚克、柔克三德，为人臣者必须具备其一。
应该说，郑玄对汉室是忠心的，对军阀割据是痛心的，他在注释群经时总是神化君主，要求地方诸侯服从君主，把封国的财富贡献给天子。他注《周易》与《周礼》，常常寄托自己君贤臣忠的政治理想，而在笺注《毛诗》中，又寄托自己感伤时事之情，这也说明他向往从前、反对现实乱世的态度。另一方面，他还积极宣传孝道，用孝道来为忠君思想眼务。要求人们像事奉父母一样事奉君主，像尊重长兄一样尊重各级封建统治者。
总的看，郑玄是一位笃信儒家思想的正统学者，他理想中的政治面貌，应当是君君、臣臣、父父、子子，严守等级秩序，使政治稳定，风调雨顺，国泰民安。所有这些，当然也没有多少郑玄个人的东西，而是传统儒家思想对他熏陶而形成的。但郑玄遍诠群经，已把这些政治思想说成是经典的本义和万古永恒的常则，这对于儒家传统思想的传播，具有重要的意义。
校雠学
郑玄注经，不仅兼录异文，考订疑误，而且致力于考镜源流，厘析篇帙。所以，精擅于校雠学的清人段玉裁，曾在《经义杂记序》中称赞郑玄成校雠学千古之大业。今人张舜徽先生着有《郑氏校雠学发微》，认为郑玄的校雠学成就表现在如下12个方面：
一是辨章六艺，即明辨六经之体用；
二是注述旧典，理查群书；
三是条理礼书，使之部秩井然；
四是叙次篇目，在目录学方面有突出创见；
五是广罗异本，比较异同，细心雠对；
六是择善而从，不拘于师法家法和今古文；
七是博综众说，舍短取长，不以先入者为主；
八是求同存异，自申己见；
九是考辨遗编，审定真伪；
十是校正错简；
十一是补脱订伪；
十二是审音定字。
凡此种种，已大抵涉及到了校雠学的各个方面，后世有志于以整理古籍为务者，皆以郑玄所为作为楷式。中华文化源远流长，古籍浩如烟海，整理古籍是研究传统文化与历史的必需，而校雠之学，又是古籍整理方面的一门专业学问。郑玄的校雠学成就，极大地丰富了中国校雠学的内容，其功实不可没。
训诂学
中国训诂学的起源甚早，而训诂学的成熟发展，则在汉代。汉人的训诂学成就，又以郑玄为最。所谓训诂学，也就是用语言解释语言，郑玄遍注群经，其内容几乎包括了后世训诂学所涉及的全部：包括释词、释句旨、说语源、说通假、注音读、说修辞、说制度、解名物、释方言、校勘文字、分析语法等等。而郑玄所采用的训诂方式，如直训、义界、推因等方法及传统的义训、形训、声训等，亦已相当完备。郑玄注经所用的训诂术语也相当丰富，如：犹，者…也…，所以一也，谓，谓一也，喻，亦，言，…貌，…之辞，…曰…，…为…，谓之，发声，若，之属，所以，之言，属，然，声误，假借，之谓，语助，…之声，当作，当为，今文，故书，古今字，古文，互言，音，读，读若，读如，之言，读曰，读为，读当为，或作等等，皆为后世所沿用，其体例十分严密。总的看来，郑注群经为后世之训诂学起到了导源的作用，大有发几起例之功，实为中国训诂学之起源。
音韵学
郑玄对古音韵学的发展做出了一定的贡献。郑玄有探索古音的创始之功：他第一次明确指出了“声类”和“音类”，并注意发挥其在注释中的作用。并分析了“声类”和“音类”的不同点：大抵发音部位相同的叫做“声类”，收音部位相同的叫做“音类”，凡是“声类”、“音类”相同或相近的字，其义必相同或相近。这在音韵学上所起的作用是不容忽视的。
词汇学
郑玄对词汇学的发展有杰出贡献。在词汇学方面，郑玄总结和发展前人的研究成果，在注经过程中对词的诸多义项和用法进行全面训释，从而巩固了先秦以来词义发展的成果。春秋战国时文化空前繁荣，经典史籍所用之词达到了极大丰富，但是作为词的记录的单字，数量却并未增加多少，词汇的丰富性主要是通过一词多义表现出来的，即是说，词在这一时期产生了大量的引申义与假借义。许慎的《说文解字》主要在于明辨字的本义，正本清源，功绩巨大，但很少涉及引申、假借问题。郑玄则重在阐述词的引申义与假借义，并揭示出了一些客观规律。
历史评价
马融：诗书礼乐皆东矣。
袁绍：吾本谓郑君东州名儒，今乃是天下长者。夫以布衣雄世，斯岂徒然哉？
孔融：郑康成多臆说，人见其名学，为有所出也。证案大较，要在《五经》四部书，如非此文，近为妄矣。若子所执，以为郊天鼓必当麒麟之皮也，写《孝经》本当曾子家策乎？（《与诸卿书》，摘自《御览》卷六百八）
轶事典故
郑君草
相传郑玄酷爱车前草，因此车前草又以郑玄命名，被称为郑君草。
精通术数
郑玄对术数之学的研究也很有心得，成名很早。据《郑玄别传》记载，郑玄十七岁时，有一天正在家读书，忽见刮起了大风，他根据自己掌握的一些方术来推算，预测到某日、某时、某地将要发生火灾。于是，他立即到县府去报告，让政府早做准备。到了某日某时，某地果然发生了火灾，但由于早有准备，并没酿成大害。这件事不胫而走，郑玄又被当地视为“异人”。
化险为夷
郑玄曾拜马融为师，学习算学，三年没有见到马融的面。马融只是让他的一个学得较好的学生教郑玄而已。一次，马融计算浑天算的不符合，问他的弟子们，没有一个能算出来的。有个弟子说郑玄能算。马融立即将郑玄召来让他计算，一转眼的工夫就算出来了，大家都既感到吃惊又佩服。马融感叹地说：“诗书礼乐，郑玄都精通啦！”
心中暗暗产生杀机，等到郑玄学业学成后辞别老师回归故里时，郑玄怀疑有人追赶他。于是坐在一座桥的下面，将穿着脚上的木屐放在水面上。马融果然用“式”这种卜具推算出他离去的方位，带领人去追杀郑玄。看见郑玄后，对跟他一起来追杀郑玄的人说：“郑玄在土下水上而依靠着木（按：木屐代木。古人认为要在土下水上，既是棺木），这回他必定得死。”于是不杀郑玄，转身离去。郑玄方才免于一死。
沉默寡言
郑玄长到八九岁时就能用筹码进行乘除法的运算。十一二岁随母亲回到家里，正逢腊月宴会。同席的十多个人，个个衣着华美，能说会道，唯独郑玄神情漠然，一言不发。母亲暗中几次督促郑玄，让他也跟同席人说说话。郑玄说：“说话闲聊练嘴皮子，这不是我的志向。”
侍婢博学
郑玄家中的侍婢都颇为通晓《毛诗》。一位婢女曾因违逆郑玄，被他惩罚长跪在台阶前。另一位婢女开玩笑对她说：“‘胡为乎泥中（引自《诗经· 邶风·式微》，意为为什么跪在地上）？’”这个婢女回答：“‘薄言往愬，逢彼之怒（引自《诗经·邶风·柏舟》，意为向他报告事情，正赶上他发怒）’”。
梦示可学
郑玄跟老师马融学习，三年没有学到什么。后来，马融让他回去。一日，郑玄在树荫下和衣小睡，梦见一个人用刀划开他的心，对他说：“你是完全可以使自己成为有学问的人！”郑玄睡醒后立即返回，不久就把所有的典籍弄懂弄通了。
攻驳何休
与郑玄同时代的今文经学大师何休用十七年的时间写成了《公羊春秋解诂》一书，对《公羊》一书的内容多所发明。从他的《公羊墨守》《左氏膏肓》《谷梁废疾》三文中可见，他认为《春秋》三传中只有《公羊》义理深远，像墨子的城防一样无懈可击。而《左氏》与《谷梁》二传则存在严重的缺点，根本不值得研究。
郑玄乃针对他的观点，着《发墨守》《针膏肓》《起废疾》以驳斥之。他认为三传各有其优缺点，《公羊》并非十全十美。何休读了郑玄的文章，也带着叹服的口气说：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！” 意思是说郑玄能从他的文章中找出矛盾，用他自相矛盾的说法来驳倒他的立论。郑玄对何休的批驳十分有力，经师和学者们十分惊服。据说当时京师之人称何休为“学海”，而称郑玄为“经神”，郑的声望远超过何。当时求学者不远千里投到郑玄门下者甚众，他的徒党通于天下。
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