期间，日方代表抛出了“云扬号事件”责任问题和朝鲜拒绝书契问题，质问朝鲜是否“悔悟”？朝方代表则强调日本背信弃义和无故侵犯在先，且“云扬号”挂的是黄色旗帜，并非日本国旗，还举出了由清政府提供的西元1866年日本人八户顺叔在香港报纸上发表的侵略朝鲜言论，以揭露日本野心，此轮谈判无果而终。
2月12日第二次谈判时，日方代表拿出了13项修好条款，限期十天内答复。2月13日第三次谈判时，日方代表公然进行武力威胁。
申櫶在给朝鲜政府的报告中说：“彼人接话半晌，以书契答复事、条约册子事，速即禀达回报之意，重言复言。彼曰：‘事不如意，则将有屡万兵下陆之弊矣，预为谅悉，勿至两国失和之境’云，隐然有恐吓之语，极可愤惋。”
由于朝鲜代表的身份是“接见大官”而非“全权代表”，所以面对日本的胁迫，无法单独决定缔约问题，遂将日本提出的13项修好条款呈送朝鲜政府，以待朝议决策。
此时，朝鲜民间正掀起一股抗议“对日缔约”的浪潮。谈判期间，特别是日本放出数万大军将入侵朝鲜的风声后，朝鲜到处流传日本将攻入汉城的消息，“倭人即今入京，长安汉城人民，哭声动地，江华炮声如雷……京中男女，奔走东西”。
以崔益铉为首的大批儒生们，在汉城王宫门前持斧上疏，坚决反对同日本谈判乃至缔约。崔益铉提出“倭洋一体”论，并指出这个条约的不平等性质，预见了这些条款将对朝鲜社会产生的冲击以及日本吞并朝鲜的野心，表示如果政府不接受他的主张就立即以斧劈头而死！
已经下野的“兴宣大院君”也上书表示，接受日本要求就是“自取灭亡”，并斥责闵妃集团向日本妥协的行径，声称“我有家僮，可率以殉，则青邱三千里，岂非贤圣祖宗培养之遗裔乎？”不惜与日本一战。
但当时实际统治朝鲜的“闵妃集团”在“开化派”大臣朴珪寿的影响下倾向于开放，却又害怕“兴宣大院君”趁机夺权，并且畏惧日本的武力威胁，便不顾朝鲜全国上下的强烈反对，决定与日本讲和缔约。
同时，“闵妃集团”还当众弹压了儒生崔益铉等示威者。经过对条约草案的连日研讨，朝鲜政府于2月18日同意与日本签订条约，但对条约前言中的“大日本国”和“皇帝”字样及6项条款提出异议。
由于日方的首要目的是签约，所以也作出部分让步，如将前言中的与“大日本国”相对的“朝鲜国”改为“大朝鲜国”、将“日本皇帝”和“朝鲜国王”改为“日本国政府”和“朝鲜国政府”，取消了“永兴开港”的要求，并删除了“片面最惠国待遇”的条款等，但没有修改“居留地”、“领事裁判权”等朝鲜方面曾提出异议的条款。
朝鲜亦无进一步的“修正案”。因此，双方在2月20日的第四次谈判中，就条约内容达成了一致。此后，日朝双方又就“谢罪照会”和“御名御宝”的问题发生争执。就前者而言，日本对朝鲜出具的照会内容不满意，批评其内容全是朝鲜的自我辩解而毫无谢罪之意，且只字不提“云扬号事件”；
就后者而言，日方则以各国通例为由，坚持要求批准书上必须有“御名御宝”。而朝方认为国王名讳不能签在颁给臣子的文书上，而且只能盖用于交邻的“为政以德”之印，而不能盖国玺。为此，黑田等一度撤退到船上，以示谈判破裂，怕引起双方的武装冲突。
而后，日、朝双方都各自相应地做出一定妥协，朝鲜修改了照会内容，提及了“云扬号事件”，表达了遗憾之意，虽然修改过的“照会”也没有“谢罪”的意思，但日本代表只好将其当做“谢罪照会”来受理。其后，日本政府对外宣称，朝鲜已经向日本“谢罪”，但并未公布照会的内容 。
日本也同意朝鲜国王在批准书上用印即可，不必署名。朝鲜则临时赶制了“大朝鲜国主上之宝”不再用中国清朝赐下的满、汉双文的“朝鲜国王之印”，钤于批准书上。
在日、朝交涉的过程中，日本人得到了朝鲜“开化派”官员吴庆锡的暗中帮助。当时，作为日方随行人员的野村靖在日记中写道：“没有吴庆锡的话，谈判缔约大概不会如此迅速地了结，我们极其感谢。”
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