黄帝等到和应龙合兵后，立即组织了大规模的反攻。应龙是黄帝手下最勇猛的战将，带领所属水灵族人发动了滔天的洪水来围困魔族。
蚩尤意识到自己对抗不了应龙，也请来援兵风伯、雨师，风伯、雨师纵起大风暴雨来帮助蚩尤迎战应龙。霎时间，狂风大作，倾盆大雨从天而降，全部洒向黄帝军中。
应龙只会喷水，不会收水，结果，应龙发起的洪水没有流向蚩尤的阵地，反而导致众仙迷失在漫天风雨之中。
见此情景，黄帝非常焦虑。应龙的失败，让黄帝不得不派出最后的力量、自己的女儿——魃。魃是天女，也是旱神，只见她身穿青衣，从黄帝的阵营中走出来，身上发出极强的光和热。
她来到阵前施展神力，击败了风伯和雨师，风雨迷雾顿时消散。
黄帝见自己的女儿魃战胜了蚩尤手下的风伯和雨师，十分高兴。决战的时候到了，黄帝将一面旗子举向天空大声道：“诸位天神，助我灭蚩尤，以解百姓之苦！”
话音未落，只见从空中又下来很多身着金甲的神一起帮助黄帝的军队打仗。蚩尤一看黄帝搬来了天神，他于是也从阴暗之境搬来了很多魔怪。这一仗，打的真是天昏地暗。
危急之时，黄帝又拿出神魔大战之前准备的一件葫芦样的法器，往空中一抛，那些魔怪和魑魅魍魉纷纷都被收到葫芦里边。魔族战败，蚩尤一看大势已去，撇下魔族残兵败将，立即飞身准备逃走。
黄帝施展神力追击，只见干将、莫邪两把神剑化为两道飞虹，向着蚩尤追去。只听的一声巨响，蚩尤被两把神剑瞬间刺破胸膛，被轩辕神剑所斩杀。
蚩尤心有不甘，一口鲜血喷涌而出，仍断断续续道：“好，好，好剑！黄帝，你别得意，我还会回来的……”
说完最后一句话，蚩尤之魔气化为一阵黑烟四散开来。
女娲见状对黄帝道：“蚩尤虽死，但其魔气仍未消散，如果不想办法，蚩尤还会将魔气寄生到人身。万一蚩尤重生，那魔族肯定又会卷土重来，到时候三界又要生灵涂炭了。”
黄帝点点头，对女娲道：“娘娘说的极是，为了三界永久的太平，绝对不能让魔族再在三界肆虐！”
说完，为镇住蚩尤混沌魔气，黄帝命人拿出轩辕神剑中的雄剑，命土灵族施法将蚩尤之魔气和一众魑魅魍魉封印于北方蛮荒之地下，由土灵族人日夜看管。
至此，三界终于恢复了往日的和平，三界生灵得以保全，人类开始安居乐业。
另一把轩辕神剑中的雌剑，由众仙族共同掌管，供奉于天一神殿，由历代推选出的五灵神君守护。
为了选出轩辕神剑的守护者，金木水火土五灵族约定，每隔五年都要召开神剑大会。从每个族中的弟子里选出一个佼佼者，参加神剑大会的比赛，从金木水火土五灵族内选拔出最优秀的剑仙，成为五灵神君的徒弟，并成为轩辕神剑的继承者。
亘古大战之后，黄帝作为首位五灵神君，被五灵族拥戴供奉。众仙族为了纪念立黄帝、女娲的功绩，将黄帝的巨大神像立于天一神殿之前。这尊神像由玄铁打造，高三丈三，从很远的地方就可以看到，很有气势。同时，为了纪念女娲娘娘为人类所做的贡献，中原大地各处建造了很多女娲庙，供奉女娲娘娘。
自神魔大战之后，因五灵族斩妖除魔有功，各掌管一种元素，修炼仙法，门下弟子日益壮大，门人广布天下。
然而，十世之后，金、木、水、火四族日益壮大，金灵族为五灵族之首，居于富饶的南方，也是天一神殿的所在地，掌管轩辕神剑中的雌剑莫邪。
水、火、木依次居于金灵族之下，水灵族居于东海之滨，火灵族在中原腹地，木灵族居于西山之巅。
五灵族中，唯有土灵一族因要看管蚩尤魔灵，在北方极寒之地苦修，土灵族门下弟子多受不了这等苦差，且因地势偏远，为五灵族之末，弟子日益稀少没落……
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