至于在京的部堂和地方布政使之类的大员，实行的是连带责任制。
根据他们分管的部门，他们的考核结果与属下的表现挂钩。
第二个则是拆分了都察院，其中一部分御史与六科给事中合并成立新的部门，叫做监察院，另外一部分与大理寺合并成立法院。
两院各设院长一名，正二品；副院长两名，正三品。
下属有十五司，对应两京十三省，设司长一名，正五品，副司长两名，正六品。
司下面设科，科的数目不定，根据管理区域事务的多寡而设立。
每科设科长一名，正七品，副科长两名，从七品，科员无定额，正八品。
监察院的职能是负责考评官员的表现和调查官员的犯法情况，基本上取消了原先的都察院弹劾纠察的职能，一切以事实调查为主。
今后吏部只负责选官，考核的事情交由监察院。
法院则是负责审判各种违法案件并对其定罪，包括复核两京十三省的各种刑法案件。
刑部的这一部分职能被合并到了法院这里，今后刑部主要负责督促各省维持治安，打击各种犯罪行为。
监察院的院长由原来的左都御史袁可立担任。
法院院长则是右都御史曹于汴担任。
在都察院的御史和六科给事中群体中，剧烈反对这件事情的人不多。
一个原因在于，他们在合并后的新部门获得了升迁之外，还因为朱由检下发了谕旨，敢于阻挠改革的人一律罢免。
被朱由检连续整治了几次之后，头铁的言官已经是属于极少数了。
朱由检拆分言官队伍的目的在于，减少原先的乱象。
在这次合并成立新部门之后，言官再想像以前那样随意攀咬已经是不可能的事情，监察院和法院都是要求讲事实证据的。
户部也有大动作，宣布参照通州改革的方式，开始对两京十三省内的所有商贸活动征收商税。
开放在天津、上海、泉州、广州四地的市舶司，所有进出口的贸易都需要向市舶司报备，并且缴纳商税，不然一律视为走私非法经营，抓到将给予严惩。
其余还有诸如打击贩卖私盐，将盐引的发行权收归户部，其余无论是宗藩、还是大臣，一律不许贩卖盐引等措施。
另外一个则是将从新征收的商税拿出一部分，用以提高所有官员的俸禄，不再发放禄米，一律发放银钱。
具体如下：正一品，月俸二百两。从一品，月俸一百八十两。正二品，月俸一百六十两。从二品，月俸一百五十两。正三品，月俸一百二十两。从三品，月俸一百一十两。正四品，月俸一百两。从四品，月俸八十两。正五品，月俸六十两。从五品，月俸五十两。正六品，月俸四十两。从六品，月俸三十五两。正七品，月俸三十两。从七品，月俸二十两。正八品，月俸十五两。从八品，月俸十两。正九品，月俸八两。从九品，月俸五两。未入流，月俸三两。
另外如果每年考评优异，将会有额外的俸禄奖赏。
在这样的基础上，监察院和法院将联手严肃整治各种贪腐行为，贪腐在二百两到五百两之间，一律降职处罚，五百两以上一律免职，一千两以上处于死刑。
所有的这一切改革，将在崇祯元年的元旦开始实行。
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