而金陵城得到大顺军的攻克北京消息，是四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报，向当地官绅宣布了京师失守的重大变故，并于初九日把这个塘报传到金陵城，这个消息在金陵百姓中震动很大，南京六部等高级官员，当大顺军向北京进军时，部分官员知道京师难保，已经作了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。
南京金陵城六部等高级官员虽然得到了北京陷落的消息，却由于对崇祯皇帝和他三个儿子的下落不明，他们不敢轻举妄动于是严密封锁消息，金陵城在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构，南京各衙门多为虚衔，公务清闲任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员，在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
四月十七日，从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实，北京朝廷已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝的政治中心，这让当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团，对于他们来说当务之急是立君，而崇祯皇帝的三个儿子，有两个被大顺军俘获，只有四皇子朱慈照下落不明，这样朱慈照就是大明皇帝最够资格的继承人。
就在所有的人把目光放在朱慈照的身上，期待着朱慈照出现在江南时，四月十九日，淮安巡抚路振飞有传来消息：据跟随锦衣卫指挥使安建清南下的锦衣卫证实，随安指挥使南下的四皇子朱慈照被大顺军俘虏这样崇祯皇帝三个皇子都未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监、将帅们，对拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的斗争
以血统亲近而言，崇祯皇帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛，神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓，按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王，而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，淮安巡抚路振飞更是遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王宜早定社稷主。
田承嗣也坐不住了，为了让朱媺娖监国，先后给老师史可法、南京司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英、兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等通气，除了司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英回信敷衍田承嗣，其他的人理都不理他，史可法更是严词斥责田承嗣贪恋权力，并说大明决不允许出现女人主政的局面。
朱媺娖也病得很重，而且对监国一事并不很积极，田承嗣在朝廷里就是一个孤家寡人，连阮大铖都躲着不愿意见面，这次田承嗣要面对不仅仅是东林党，而是整江南的官僚士绅，谁叫田承嗣要逆天而行呢！
江南士绅中有部分东林党人，因为朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等斗争，使得神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵即朱由崧的父亲为太子的图谋才化为泡影，他们担心一旦朱由崧登上帝位重翻旧，自己在政治上将会失势，强烈反对由福藩继统。
在籍礼部侍郎钱谦益被视为东林党魁他两次从原籍常熟赶往南京以“立贤”为名到处游说，提议迎立潞王朱常淓，支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人，具有举足轻重的南京兵部尚书史可法也倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
关键时候福王府旧人，凤阳监军太监卢九德，说服凤阳总督马士英和高杰、刘良佐、黄得功、邱磊四总兵支持，马士英立即以凤阳总督和四镇的名义，正式致书田承嗣和南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。
当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，这些人又不愿意借助田承嗣的力量，只好违心地表示同意，拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益也态度软化，东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了，福王继统已成定局。
马士英给田承嗣许了封侯和继续总督河南、山西、山东三省，要田承嗣息了长公主朱媺娖监国的念头，韩赞周受卢九德所托，说只要田承嗣愿意拥立福王朱由菘，福王登基后给田承嗣封万户侯加武官一品。
田承嗣是嗤之以鼻，也没给马士英、韩赞周回信，而是给在凤阳府附近的蒋尚武、蔡大山密令，要蒋尚武、蔡大山在凤阳府搞出点动静来，四月二十七日，蒋尚武、蔡大山对一旁监视锦衣卫的凤阳官军发起了攻击，一举打垮了锦衣卫当面之敌，监视锦衣卫的山东邱磊部伤亡三千多人，被俘虏四千多人，而邱磊被锦衣卫火铳打倒，被马群踩成了肉泥。
锦衣卫和凤阳驻军发生冲突，震惊了整个江南，使得江南的官僚士绅百姓，不得不正视田承嗣的存在，忽视田承嗣的锦衣卫，会带来不可想象的后果，田承嗣把这次行动，说成是锦衣卫和凤阳驻军长期摩擦造成的恶果，惊呆了的南京官员们，第一次没有使出文人的大吵大闹，而是一起抱团商量怎么对付田承嗣。
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