哪里有剥削？哪里就有反抗？当阶级矛盾到了一定的地步，就会爆发起义，起义军在官兵的镇压下，被四处追杀。这时的张角碍于无耐，只能提前实施自己的计划。没多少天的工夫，全国就有几十万农民起来响应。
这场农民起义蓬勃发展，在张角的带领下越挫越勇，他们一路斩杀，无奈之下，东汉政府落入了重重的农民起义军的包围下。这下，东汉的最高统治者慌了，他左思右想，为了保住这个城，他赶紧加固这个地方的军事防备力量，他命他的亲卫防守在城外，东汉朝廷认为光这些亲卫的士兵，不足以抵抗张角等人所带领的农民起义军。
东汉的最高统治者便立马下令，他赦免了天下不同党派的人士。因为害怕农民起义军，这些不同党派的人同意和东汉的朝廷一起来抵抗这些农民起义军。东汉的最高统治者拿出当时国库的大量财富，来修缮武器和给予士兵，而且在各州收集军事人才。此时的一些地主害怕起义军的报复，纷纷拿出自己私人的武器装备，支援朝廷。
朝堂之，大臣们商量对策，认为如果想要抵抗这次的农民起义军的攻击，必须联合城内的一切力量，动员一切可以动员的物资和力量，才可以抵御过此次的起义军的攻击。
在经过大规模的谋划过后，派出大量的精兵，在战斗过程中，这些农民起义军纷纷落败。百姓们知道，在面对不平等的时候，只要站起来反抗，浩浩正气贯长空，永远要与黑暗势力进行斗争，永不放弃，屡败屡战，才能有希望，达到自己的目的，过想要的生活。
汉灵帝见太平道如此厉害，慌忙于3月戊申日以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又表招募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱儁军连军。庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
而起义后各地起义军没有迅速地集结起来，而是分散在各地孤立行动，甚至不进行相互支援配合，终于被官军各个击破。同时起义军首领缺乏军事指挥才能，张角、张梁、张宝、波才、张曼成、赵弘、韩忠等，个个都是只知固守一城一池，或久围坚城，与东汉军拼消耗，不懂得运用灵活的战术战法，取得主动，始终被动挨打。
东汉派来镇压黄巾起义的将领，如皇甫嵩、朱儁、曹操等都是一些能征善战的悍将，他们的统兵作战的能力，军事指挥的才能、战术计谋的运用，都高于黄巾军首领，因而往往能够以少胜多，以弱胜强，这结局可想而知。
另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，攻下城池。在朝廷的精兵强将，打击下，黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军。于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。
董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日，要求皇甫嵩继续北，不过，张角已经病死，11月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。起义虽被残镇压，但在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝已名存实亡。
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