现在的荀彧还未成长的可以担当萧何之任的地步。荀彧想要居中调停，但没有看对时机。在前世跟着曹操之时，荀彧之所以成为皇帝和曹操的调节人，是因为曹操处于绝对强势，而刘协虽身系天下大义，却处于弱势。荀彧的功能只是化解曹操的暴戾之气，来维护弱势的刘协。然而现在情况却相反，以刘虞为首的世家势力咄咄逼人，批判吴昱的新政。而吴昱一言不发，在口水仗上面非常被动。
看着吴昱手下功臣将领皆是怒气冲冲，荀彧生怕刚建立起来的朝廷再度分裂，一时心急如焚。吴昱见荀彧左右不是，大笑道：“荀文若，不要着急，更不要怕争辩，今个就是要进行一场大论辩，正所谓真理愈辩愈明，我们要在这场大论辩中得出一个真理来，得出一个是非来。不解决这一问题，就会为国家未来的发展埋下祸根。诸位朝公，尽可以畅舒己怀，表达自己的意见。但是不能恶意攻击。更不能以言开罪。”并且建议众人一个问题一个问题的争辩，不能把所有的问题混到一块说，这样既没有意义，也得不出有效的结论。这一建议得到皇帝的众朝臣的一致认可。至于刘虞、孔融等人见吴昱胸怀宽广，对吴昱刮目相看。
最后吴昱提议让荀彧作会议主持，孙邵等人作会议记录。荀彧根据世家势力方的批驳点作出了会议的几个议项。
第一个议项是政体问题。这个是世家大族最为关注的问题。毕竟自周朝到东汉，一直延用三公九卿制，本来按照历史的发展，这种过时的体制必然会慢慢的过渡道三省六部制，直到六部尚书制。但这种过渡，是近千年乱世纷争打出来的，消耗的太大，吴昱才会想着推行尚书制。
但是三公九卿制已经成为国家体系的既定模式，东汉时期的士人皆争相以三公之位为荣。想要改变这种模式，必须要改变他们的志向，这是何等的难。吴昱事先也已估计到这种难度，甚至已经做好的进行一定妥协的准备。
论辩双方对这一问题展开激烈的辩论。刘虞一方以祖宗法度，圣人无为为论点。而张昭等人则以时移势迁，应该以务实为主。最终吴昱出来，给出三个方案，第一个方案是保留三公虚爵，取消开府权利，政事全在尚书台。第二个方案是以三公为尚书台最高官员，司空为首总览全局，职同尚书令，司徒、太尉为为左右副手。九卿列为尚书台之职。第三种方案是设三省六部，中书、尚书、门下三省。三公分职三省。
经过激烈的争论，刘协拍板最终选择第二种方案。其实世家名士以及更倾向于第三种方案。然而刘协经过半年时间的亲政，对六部尚书制甚为合意。刘协明白以后的吴昱会经常出征，依照上次惯例，刘协有更多的机会亲政。这也是刘协力排众议，坚决选择第二种方案的原因。
谁人不想手握大权！谁人又向把自己的权利分出去。刘协志向高远，要做一个明君，一个中兴之君。但是现在自己只能依靠吴昱，因为吴昱能给自己更大的权利。世家大族表面上忠君爱国，然而他们得到权柄之后，绝然不会给自己亲政的机会，前鉴不远，世家代表王允不就是个例子。相反，手握兵权的土匪吴昱，却能大度的让自己亲政，半年的亲政让刘协享受到权利的快乐。能手握大权，谁还会主公让出去。或许只有这个不喑世事却善于统兵的土匪吴昱了。
这一次刘协坚定的站在吴昱一边，如今的三公，名为三公，但与原来已经大不相同。原来的三公有自己开府的权利，便有自己征召人才心腹的权利。但现在三公不能开府，只是在尚书台办公，而尚书台官员的任命，全在皇帝一人，这变相的增加了皇帝的权势，至于司徒太尉，不过是分了司空即尚书令的权。小皇帝岂会跟自己过不去，乐见其成，甚至都想好了，一旦时机成熟，便不置三公，只设六部，由皇帝亲自控制六部。由此，尚书台六部制，这一政治体制问题便定了下来。
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