杨齐人虽然在上海，但往来的公文不断，这里面除了正常的文书之外，还包括杨齐对福建军政的改革，公文早就报到五军都督府，因为改革的都是卫所兵，属于军户，与并不无关，正好他们互相弹劾，无暇他顾。
对于军制改革，崇祯是支持的，福建的军政改革，并不需要户部、朝廷的拨款，盐务整理完毕之后，朝廷得到了四千万两真金白银，剩下的盐税杨齐也就顺理成章的截留了，这些费用都是查抄四大盐商的家产，都是需要变变较耗时费力，杨齐愿意打理，崇祯自然没话说。
整编福建军政的具体事宜，自然落在了黄得功的身上，最近他带领“新军”，主要都是杨齐的直属部队，以及福建本地的卫所部队，屡立战功，黄得功的指挥能力这些个指挥使、千户们都是看在眼里，又有朝廷五军都督府及杨齐的公文调令，自然无话可说，不过这整编军政，自然要裁人，这去谁流谁就开始在部队里面传了开来，一开始还好，慢慢的就变了味道。
依靠军功、军威，自然可以弹压，可时间长不了，这一来一回的公文，就耗费了不少的时间，好在黄得功已经开始把选中的青壮，按照杨齐下发的“陆军训练手册”，开始军事化训练，那些准备裁撤的老弱病残，就在一旁休息，他们也都知道黄得功的厉害，尤其是还有五万新军驻扎在侧，这帮人的战斗力，他们都是看在眼里的，尽管不满，满肚子的牢骚，但却只能在嘴上说一说。
所有的军官，因为大多都是世袭，而杨齐并不打算激化矛盾，老弱病残必须裁掉，吃空饷的年代一去不复返，所有还想干的军官，因为裁员的关系，两个千户所甚至是三个、四个千户所进行合并，直到合并为满编为止，所有的千户、甚至是指挥使，全部考核新编武经，这里面的东西他们也不陌生，除了笔试部分，还有实操，一项一项的考核，比如你是指挥使，就考核你战略、布阵及后勤补给，以及对于未来战争的看法，千户则考核你战术、带兵，安营扎寨，训练士卒等，考核合格者，可以留任，不合格者降级，然后再考核这个级别的笔试、武试。
这里自然会被淘汰很多，这些将领自然会闹事，不过杨齐也都想在了前面，所有考核不过关，不想留在部队的，由总督府出面，对你的军籍进行买断，给你一片土地、银两，自谋出路，若是很想留在部队的，也可以转去其他部门，或者继续进行降级考核，再不济，当你准备充足了，还可以再来考核，或者直接前往上海，在那里有一座“上海军事学院”，由总督府出具票拟，前往学习，毕业通关后，再行归队。x
凡此种种分流之后，福建省行都司、福建都指挥使司衙门等各级军事单位，整编前人数在十五万上下，整编后新军部队人数满打满算才达到五万之数，从此以后这部分军队完全脱产，跟杨齐的部队一样，都属于全职军人，编制依然属于五军都督府，其他被裁撤的人员，还可以继续当差的，再次进行筛选，然后进入各级州、府、县等行政单位，成为那里的城防军、衙役。
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