面对南越局势的变动，朱由校及时调整作战计划，先是派遣使者要求郑梉撤出高平，并割让红河以北的土地给明朝，同时命朱夔元、孙传庭、黄得功的五万皇家陆军从奉化北上，与谅山的袁崇焕两线夹击升龙。
在朱由校看来，将军们用剑夺不来的东西更别指望外交官用嘴，而且明朝从成祖年间就退出南越，在这里没有统治的根基，不铲除郑氏和黎氏的势力很难进行有效的管理。何况郑梉和他的主力部队都在高平，另外一部分军队又被袁崇焕拖在谅山，此时不一举拿下升龙更待何时？史记有云：“天与弗取，反受其咎时至不迎，反受其殃”，朱由校又怎么会放弃这个机会。
在明军炮兵的轰击下，升龙的低矮城墙很快便坍塌出一段巨大的缝隙，与郑氏不共戴天的莫敬宽率领亲兵趁机发起冲锋，先是效仿郑梉残忍的杀害了所有的皇室成员，然后开始屠戮手无寸铁的百姓。这场屠杀持续了三天三夜，等朱夔元准备入城受降时发现莫敬宽连鸡犬都没留下，街道上血流成河，到处都是横七竖八的尸体，空气中弥漫着焦臭的味道。
看到这一幕惨绝人寰的景象，见惯了大场面的朱夔元还是觉得脊背发凉，他明白虽然莫敬宽扮演了那个刽子手的角色，可始作俑者却是小皇帝。在明军包围升龙后，朱由校便下令将红河水引入城内，立时击溃了越军的抵抗意志。面对敌人的请降黄得功和孙传庭根本不予理睬，炮兵集中火力轰开城墙后莫敬宽率先入城，明军则在外围不断狙击逃跑的敌人。
此役过后南越死伤数十万人，苦心经营二百余年的成果瞬时化为灰烬，再也没有和中原王朝叫板的实力，而且郑梉由于失去了后援补给，军队断粮不到一月便发生哗变，几个将军为了邀功不惜大打出手，最终黎文晓带着郑梉的人头前往太原向明军守将袁崇焕请功。
对于郑氏和黎氏的恩怨，朱由校不想了解太多，此次反击南越入侵的目标是消灭这两大家族的势力，因此他果断以弑主的罪名处决了黎文晓等人，公开扶持光杆司令莫敬宽为安南都统使，建立一个完全听命于明朝的南越政权。双方以红河的入海口奉化为界，往北由明朝直接设置州府管辖，往南至广平为南越的疆土。南越以明朝为宗主国，派遣独子莫敬宇前往京师为质。
作为回报，明朝承认南越莫朝的藩属国地位，并将黎文晓的军队全部交给莫敬宽指挥，同时将一部分过时的火器也做了无偿援助。莫敬宽抱住明朝这条大腿后有恃无恐，要求广南的阮福源纳贡称臣，并遣子入侍朝廷。
阮福源本想在明朝与南越郑氏的战争中捞点好处，没曾想明朝动用海军从奉化沿河直上，轻而易举的拿下了升龙。此时他才清楚的意识到自己与明朝这个庞然大物之间的差距，为了表示自己的悔意，果断将陶维慈的人头作为效忠明朝的投名状。
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