陛下登极以来，公卿台谏累累罢归，致在位者无固志。不于此称孤立，乃以去一近侍为孤立耶？今魏忠贤不法状，廷臣已发露无余，陛下若不早断，彼形见势穷，复何顾忌。魏忠贤必不肯收其已纵之缰，而净涤其肠胃魏忠贤之私人，必不肯回其已往之棹，而默消其冰山。始犹与士大夫为仇，继将以至尊为注。柴栅既固，毒螫谁何？不惟台谏折之不足，即干戈取之亦难矣。”魏忠贤得疏愈恨。
万燝既受廷杖此节前书已述，不复述，又欲杖御史林汝翥，诸言官诣阁争之。小珰数百人拥入阁中，攘臂肆骂，诸阁臣俯首不敢语。黄尊素厉声曰：“内阁丝纶地，即司礼非奉诏不敢至，若辈无礼至此！”小珰乃稍稍散去。无何，万燝以创重卒。
黄尊素上言：“大明律例，非叛逆十恶无死法。今以披肝沥胆之忠臣，竟殒于磨牙砺齿之凶竖。此辈必欣欣相告，吾侪借天子威柄，可鞭笞百僚。后世有秉董狐笔，继硃子朱熹纲目者，书曰某月某日，郎中万燝以言事廷杖死，岂不上累圣德哉！”
胡子睿认为黄尊素在大明这样一个人冶社会里有法律意识，是难能可贵的董狐乃是春秋时晋国的史官，赵穿尝攻赵灵公于桃园。赵盾宣子未出山而复。太史书曰：“赵盾弑其君”，以示于朝。宣子曰：“不然。”对曰：“子为正卿，亡不越竟，反不讨贼，非子而谁？”，赵盾遂无言已对，孔子评曰：“董狐古之良史也，书法不隐。”后人尝用董狐直笔来形容史官刚直，坚持原则。
黄尊素又拿一些当时公认的奸邪之人来举例：“进廷杖之说者，必曰祖制，不知二正之世，王振、刘瑾为之世祖、神宗之朝，张璁、严嵩为之。奸人欲有所逞，惮忠臣义士掣其肘，必借廷杖以快其私，使人主蒙拒谏之名，己受乘权之实，而仁贤且有抱蔓之形。于是乎为所欲为，莫有顾忌，而祸即移之国家。万燝今已矣，辱士杀士，渐不可开。乞复故官，破格赐恤，俾遗孤得扶榇还乡，万燝死且不朽。”疏入，益忤魏忠贤意。
八月，河南进玉玺。魏忠贤欲侈其事，命由大明门进，行受玺礼，百僚表贺。黄尊素上言：“昔宋哲宗得玺，蔡确等竞言祥瑞，改年元符，宋祚卒不竞本朝弘治时，陕西献玉玺，止令取进，给赏五金。此祖宗故事，宜从。”事获中止。天启五年春，遣视陕西茶马。甫出都，逆党曹钦程劾其专击善类，助高攀龙、魏大中虐焰，遂削籍。
黄尊素謇谔敢言，尤有深识远虑。初入台，邹元标实援之，即进规曰：“都门非讲学地，徐文贞已丛议于前矣。”邹元标不能用。杨涟将击魏忠贤，魏大中以告，黄尊素曰：“除君侧者，必有内援。杨公有之乎？一不中，吾侪无噍类矣。”万燝死，黄尊素讽杨涟去，杨涟不从，卒及于祸。魏大中将劾魏广微，黄尊素曰：“魏广微，小人之包羞者也，攻之急，则挺而走险矣。。”魏大中不从，魏广微益合于魏忠贤，以兴大难。
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