天帝下令镇压，遭到人类顽强抵抗。天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗神界，补天地，阻洪水，挽救了残存人类的命运。天帝省思后觉得神族也有不对之处，于是下令所有神族回到天界，封闭天界之门，下令神不得任意到人界，从此人神二界完全隔绝。不久女娲力竭死去，后代一直留在人间，世代守护人类。
兽类中偶有经过修炼，激发出自身继承的神农力量，成为具有特殊能力的“妖”，而人类经过修炼也能激发出自身继承的女娲灵力，修成为“仙”。
妖和仙的形成除了和天赋以及修炼有关外，还和地气有关。
因此天上便有了“仙界”，人间也有十大洞天、三十六小洞天、七十二福地等“仙界”，其中最著名的仙界就是盘古之心所在的“蜀山”以及天上仙界下方的“昆仑山”。相对应的，虽然看起来妖类都单独行动，但群妖聚居的妖界也是确实存在的，妖界之所在，乃是一处比蜀山更靠近盘古之心的处所，谓之“里蜀山”。除此之外，人间也分布着大大小小的妖类聚居之所，但规模都不可和里蜀山同日而语。
至此，仙剑世界共分成了六个界面，神界、魔界、仙界、妖界、人界、鬼界。
因盘古身体崩解而形成的神界，居于天，分为圣域四天，四梵天，无色界四天，色界十八天，欲界六天共三十六层。
神生存于其间，无**无欲求，拥有永恒的生命。
神人，永生不老，有男女之分而无男女之事，森严等级之下全无温情可言。无尽的生命难以排遣，总有痴男怨女冲破禁锢，为情而抛却一切，潇洒人间。据说，甚至神界的最高主宰“天帝”也曾赴人间留下过一段往事。
和神界完全对立的魔界，存在于天上与神界平行的反世界，空间与时间错乱，有“神魔之井”和神界相通。
魔生存于其间，无秩序，无目标，无欲而无不欲。
魔族，无思无想无欲求，无生无死无秩序。任性而为的魔，偶尔会因为长久的相处而渐悟，因为意外的触动而顿悟，了解到一点点人间情感，即使不明白那是什么，却执着地想要拥有。
仙界分布在大地名山之间，包括十大洞天，三十六小洞天，七十二福地。
仙为人修炼而成，是成神的必经之途，寿命长而有尽，肉身有而无涯。
仙人，徘徊在人与神之间的族群，面对仰之弥高的神界，不知道要经过多少年的漫长修炼才能到达，也不知道能否到达，俯视藐小的人间万灵，更不舍自己多年的修为。谨慎、保守、患得患失而不彻底，不知什么时候才能真正由自己本心而行事，不再顾忌其他。
禽兽草木修炼可成妖，在大地表面、鬼界、仙界和魔界都有生存，是无秩序分散的存在，有弱肉强食的传统。原本无知无识的走兽草木，因灵光一现，或是偶然的机缘而幻化成妖。始终是异数，不被原来的同类接纳，也不是人，与人为善的结果总是悲惨的，于是就和人为敌，于是就有了蜀山，有了锁妖塔，有了在平凡百姓口中辗转不灭的狐精花妖的传说。
人界，生存于大地，为女娲所造，寿命短，有国家、社会制度、道德等约束。
人类，最平凡也最不寻常的族群，一段纷争与杀伐过后，是一端平和无争。不知有其他六界，就狂妄地封自己为万灵之首。所谓鬼神，就在信与不信之间成为茶余饭后的消磨。唯一能傲视六界的，就是人间有情，柔上而刚下，天地万物之情可见矣。
至于鬼界，乃是轮回的终站和起点，存在于大地内部，包括一个鬼门关、一座奈河桥、六座曹官府、十座阎罗殿、十二座司官府、十八层地狱。
亡人为鬼，鬼入轮回而投身六界。这是人生的终站，也是人生的起点。多少人捧着一腔血茫然而来，多少不甘愿也只能化做一回眸。过奈何桥，喝孟婆汤，六道轮回之后是冤屈的第一声啼哭，三生石上，又被刻下深深一笔，记下该了的债，该还的情。
仙剑世界的故事，主要围绕人界蜀山展开。
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