于是大明也同样抽调北洋水师、南洋水师和东南沿海联合水师，一百多艘大、中型战舰和两百多艘小型战船组建了大明联合舰队，由董宣武亲自率领迎战。
朝鲜、南国、北国、九州国、四国也派出了总计两百多艘战船战舰加入大明联合舰队。
崇祯十一年九月，两军水师在琼州岛展开大战，大明联合舰队在陆地岸防炮炮火的支援下，将敌军诱入指点战场，重挫了来犯的泰西联合舰队，击沉泰西联合舰队战舰十四艘，武装商船二十艘，俘虏受损泰西战舰十八艘，武装商船二十四艘。
泰西联合舰队铩羽而归。
琼州海战，大明联合舰队损失也不损失大中型战舰三艘，小型战船二十五艘。朝鲜、南国、北国、九州国、四国等国总计损失大小战船战舰三十一艘。
继琼州海战取得大捷之后，崇祯十一年十一月，大明联合舰队稍做修整，率军出击，又在太平岛与泰西联合舰队展开大战。再次取得胜利，击沉泰西联合舰队战舰十八艘，武装商船二十七艘，俘虏受损泰西战舰二十艘，武装商船五十四艘。
太平岛海战大明联合舰队损失大中型战舰八艘，小型战船三十五艘。朝鲜、南国、北国、九州国、四国等国总计损失大小战船战舰四十四艘。
至此，泰西联合舰队的实力已经损失了大半。
这时泰西联合舰队才意识到大明水师的强大，大明的火炮明显要比他们射程更远，更准确，并且威力更大。而且大明舰船普遍在重要位置都安装了铁甲，比泰西战舰更能挨打。
迫于无奈，荷兰东印度公司总督急忙派人与大明联系，想要进行和谈。只可惜由于双方的条件相差悬殊，和谈并未成功。
崇祯十二年五月，大明联合舰队派出一支由二十余艘经过修复后的泰西被俘战舰组成的舰队，由尚可喜率领，冒充泰西来援舰队，混进了马六甲海港，对停泊在港口内的泰西联合舰队进行了奇袭。
大明舰队的奇袭引起了猝不及防的泰西联合舰队的极度混乱。泰西联合舰队根本弄不清哪些是自己的船，哪些是大明的船。
与此同时，董宣武率领大明联合舰队的主力，也对马六甲海港进行了封锁，对港口内的敌舰进行了猛烈的炮火袭击。
马六甲海战以泰西联合舰队的彻底覆灭告终，只有十几艘战船战舰由于恰巧不在海港中而幸免于难。其中大型战舰只有两艘，中型战舰三艘，其余都是武装商船。这些战船战舰在马六甲海战结束后，就意识到不妙，载着荷兰东印度公司的主要高官，迅速逃往了印度避难，再不敢与大明舰队交锋。
大明在马六甲海战取得决定性胜利后，立刻调来了以第一集团军为主力的大批明军，对爪哇、吕宋、柔佛、马六甲等地泰西参与势力进行了全面的清除。并对当地那些对华夏百姓、商人举起屠刀，欠下累累血债的土人进行了抓捕和审判。
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