德川秀忠一方虽然实力强大，但客地作战，补给不方便，同时，丰臣秀赖因为通过李先道，从大明偷窃来大明先进的军工生产技术，装备的武器远比从明国购买武器的德川秀忠一方便宜，因而勉强维持住不败的局面。
大明得到丰臣秀赖求救请求后，再次组建了大明联合舰队，由柳若非率领，来到了倭国，用强大的武力震慑住了德川幕府。
在大明严厉警告下，德川幕府不得不坐下来与丰臣秀赖谈判。在柳若非的协调下，经过三个月的谈判，双方终于握手言和。德川幕府放弃了用武力手段胁迫丰臣秀赖解除幕府、辞去征伐虏大将军之职，默认了丰臣幕府的存在。
倭国再次出现两个幕府并立的情况。
因为此事，德川家族与倭国天皇交恶，数次威胁倭国后水尾天皇。
倭国后水尾天皇惊惶无比，派密使前往大明，希望大明能帮助他脱离德川幕府的掌控。
鉴于倭国天皇的恶劣处境，崇祯皇帝虽不承认倭国天皇的天皇身份，但出于人道，还是决定出手相助。柳若非再次率领再次组建的联合舰队出征，堂而皇之的在德川幕府的眼皮底下，“邀请”后水尾天皇到大明做客，后水尾天皇欣然答应。天皇家族大搬家，协同文武百官登船来到了大明京城。
崇祯皇帝册封后水尾天皇为扶桑王，并在京城为他准备了一块地方，作为后水尾天皇的临时住所。从此以后，天皇家族就在北京安家落户了。
此举引起了德川幕府的恐慌，德川幕府多次向大明提出请求，表示痛改前非，希望能接回后水尾天皇，以便能让倭国百姓沐浴天皇的光辉。
崇祯皇帝批红说，大明距离倭国并不远，扶桑王住在北京一样能光照倭国。扶桑王是否愿意回国，全看他个人的意愿，大明绝没有难为他。
崇祯二年六月，四国岛长寿我部来道北京城，参见后水尾天皇。后水尾天皇对他的忠心十分欣赏，册封他为定虏大将军，世袭罔替，准许他建立幕府。
长寿我部大喜，同年八月，回到四国岛的长寿我部，当即宣布，脱离德川幕府的统治，成立四国幕府，并得到四国岛百姓的效忠。长寿我部请求大明的册封。
大明册封他为四国国王。
同年年九月，上杉太郎也接受倭国天皇的策封，成为镇夷大将军，在越后建立了上杉幕府，得到了本州岛北部大名的效忠。同样得到了大明的册封，为北国王。
这一连串的变化，引起了德川幕府恐慌，不过此时的德川幕府实力远不及从前，无力征讨，德川幕府风雨缥缈。德川家光亲自来大明，请求大明支持德川幕府。
崇祯皇帝认为这一切都是德川幕府管理不善造成的，大明无意干涉倭国的内部事宜，并且建议德川家光不要擅起干戈，破坏倭国来之不易的“安定团结”大好局面。
德川家光牙被打掉了只能往肚中咽，此时德川幕府的地位极其不稳，为了保住德川家的地位，德川家光向大明大批的银两，数量不明，据猜测不下于六千万两。
在这种情况下，大明终于同意出手帮助稳定倭国的局面，在大明的组织下，倭国的四个幕府在北京展开了谈判，签订了北京条约。
北京条约规定，倭国一分为四，分别是北国、南国、九州国和四国，这四个国家互不统属，虽然同尊后水尾天皇为主，是大明的藩属国，但却是互无关系的四个平等国家。
北京条约签订后，四个新的国家立刻进行了划界。倭国从此一去不复返，取而代之的是北国、南国、四国、九州国四个不同国家。
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