这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写入防火墙的病毒库。一旦完成后，atrix就在此基础上升级重载，而重载后的atrix代码源由于已经内置上一个版本的病毒库，因此原先那些非法程序就可以被新一代的atrix制约了。所以，救世主，也就是主角的真正使命并不是引领人类对抗机器，而是为atrix升级病毒库，或者说是帮atrix这个系统debug。
听到这里，导演沃卓斯基兄弟中的安迪沃卓斯基疑惑道：“主角应该可以选择吧，选择帮助建筑师或者人类。”闻言，拉里沃卓斯基点点头：“主角的身份被安排成人类的救世主，从情感上来讲，他应该会帮助人类，这点与设定就又有冲突了？”
“不行。”
少恭摇了摇头：“这正是建筑师将主角身份设计成抵抗军的救世主的阴险之处，因为救世主虽然是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类对抗机器。因此建筑师就可以用“毁灭全人类”来要挟救世主。而第三部矩阵革命建筑师就会这么干，在第二部主角会见建筑师时时，在现实世界里，机器军队也会按照建筑师的计划有条不紊地毁灭锡安。只要主角不从建筑师，他就会随手灭锡安中觉醒的黑客们，这就是救世主，也就是主角的悲剧宿命。在完成“升级病毒库”的任务后，救世主就领到了他的第二项任务：那就是从atrix中选23个男男女女重建已毁灭的锡安。
完成这个任务后，主角便功成身退。曾经有个救世主的这个传说，就在新的锡安中流传下来。这样一来，新的这一代atrix里那些天生叛逆的1觉醒后，就还是有一个锡安可去。然后，也许在经历了若干代人的传承之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新一代的救世主。这是一个无限循环的悲剧过程
，直到人与机器完全相容，再不分彼此的那一刻，这种循环才会结束。
所以说我创作的黑客帝国三部曲只是人与机器革命的开始，至于之后的故事继续创作会是个非常疲乏的过程，我想表达的故事理念就是黑客帝国三部曲，至于人类和机器能否相融便在影片中留个悬念好了。我相信这样才是最经典的，强行创作拍摄黑客帝国四、五或者六，强行给这个故事画上一个圆满的句号，在创作上就落了下成，这样与一般的科幻电影就没有区别了，这样为了填坑、为了画上句号而拍的电影续作，会扑街的。”
听到这里，安迪点点头：“，我理解了，由此也可以看到，“救世主”其实是一个一石二鸟的总体解决方案。通过救世主，atrix系统的两**ug叛逆的人类反抗者与不想死的非法程序，都得到了控制和清理，从而为完美世界的诞生提供了时间。”
“正因为为了完美世界，前几代救世主的命运才是妥协建筑师，这才延续到了我们故事的主角eo，第六代救世主这里。”
拉里也点了点头：“所以在的设定中，先知看似有情为人类着想其实实则无情，她收养那些非法代码和人类相融的新物种，也不过是想研究他们，从而为完美世界的诞生提供更多的数据。”说到这，他又继续摇着头道：“但这样的设定我就又有些不理解了，因为先知和建筑是一样冰冷无情，一起做局的话，mith探员这个反派又该如何解释？”
“我的想法不说到最后你们永远无法理解我的设定，谁说先知就一定要无情，毕竟她已经有了感情，就不再是个冰冷的最高程序了。
少恭笑了笑：“更重要的是，她还开始怜悯那些被无限循环的悲剧命运诅咒的人类。于是，先知开始有了一个计划，她想要通过一个方法让atrix的升级在这一代结束，所以我才要你们在影片开始前用一男一女的对话来埋下伏笔：男，你为何要修改设定女，没什么，为了完美，要做个关于人类感情的小实验罢了……这样就能为后两部续作最先埋下伏笔。
这样就能解释先知修改了主角的部分程序，让他爱上女主黑客rinity的由来。当然这一改动的真正意图是不能让建筑师识破的，所以先知告诉建筑师她只是要做个关于人类感情的小实验罢了。建筑师本来就是为了让机器与人类成为一体，所以对主角的这个修改很感兴趣，这也是第二部建筑师见了主角后对eo说过：观察你的反应是一件很有趣的事情。因为他也想知道先知在救世主身上的这个实验，有没有为完美世界产生客观的数据。
当然对主角感兴趣的不只是建筑师，先知也会对这一代的救世主格外关注，因为她就是想让这一代的救世主eo在见过建筑师后，选择不进入代码之源，先知料到建筑师会低估人类感情的力量，认为救世主见了自己后还是会选择进入代码之源。不过有了心上人的救世主也许会为了救心上人而放弃进入代码之源，这就是女主存在的目的，这听起来有点可悲，但却合理。
但这也是先知的一个赌注，并且胜率未知。所以为了增加赢率，先知会在第二部中瞒着建筑师暗中给他提示。所以第二部结束时，先知的这一步计划成功了，eo为了救rinity而忤逆了建筑师，没有进入代码之源。这也为atrix崩溃造成了威胁，因为只有atrix崩溃了，圈养的人类才会大面积苏醒过来。但先知仅仅做到这一步是不够的，因为全面解放人类，也会导致机器与人类全面开战，为了让人类赢得胜利，先知需要一个筹码，一个专门针对机器的筹码，这就是mith探员。所以先知在跟主角的对话中才会提到mith是救世主程序的反面。
在建筑师的监视下，这样的程序显然是不可能自己形成的。mith这一程序应该是先知一手改写的。按照建筑师的说法，先知这一程序是要定期检查的，不然也会危及系统，这说明先知在atrix中的权限相当高，几乎和建筑师持平，建筑师虽能监视先知，但却无法消除这个仅次于自己的程序。因此，mith探员就是强大的先知一手创造出来的救世主的某种镜像。所以早在mith还是个合法程序时，他就强烈地表现出非法程序的“气质”审问orpheus时，他想脱离atrix的愿望比eo还强。
而在救世主身上的非法程序代码，也就是力量程序被激活之时，mith身上的非法代码也激活了从第一部中隶属于atrix执法系统的官方程序摇身一变，成了第二部中逍遥法外的非法程序。如果说救世主是建筑师可控的非法程序的最终形态的话，那么mith就是只属于先知的，建筑师意料之外最可怕的不可控非法程序的最终形态，因为他能同化、感染其它的程序。所以第三部中mith会强大到威胁整个atrix的存亡，强大到让建筑师对其都无能为力的地步，这样即便失去了主角的先知，也有了能毁灭atrix的另一手准备，并因为mith的强大只针对atrix和机器，从而几乎全面提升了人类战胜机器的希望曙光。
但主角在第三部中通过建筑师知道了先知的计划后，也知道自己中了先知的诡计，并告诉主角先知的计划是错误的，因为建筑师在决定启动完美世界计划的时候，就已经让程序与人类开始相融合了，这点是先知也不知道的。
所以当mith感染atrix令其崩溃得时候，也就是人类全部死亡的时候。由于mith是eo程序的反面，所以也只有eo可以凭借身体与mith相克的代码将其毁灭，从而保证atri和人类都能活下来。
但这样一来，eo用消灭mith为筹码与建筑师亦或是机器大帝谈判，欲要换来人类与机器之间真正的和平，最后建筑师同意了，并承诺想要自由的人类可以苏醒，但想要虚幻的人类可以继续留在atrix世界中等待完美世界的降临。
最后，主角打败了mith，建筑师也和先知见了面，影片最后是建筑师对先知说：“你玩了一个很危险的游戏。”暗示先知下了一盘很大很大很大的棋，冒着整个矩阵毁灭的风险，算计了自己。迫使自己跟救世主妥协，给被矩阵奴役的人类自由。但是在完美世界降临前，人类与机器是不可能和平的。而后先知也会很嚣张的跟建筑师说：“她的目的尚未达到，如果人类与机器不能和平，那就等到和平结束，再博弈好了。”
听到这，安迪恍然道：“先前先知算计建筑师，是在看似同一个阵营暗中下的手。再博弈，两个程序完全明面上的对立，后续的确不好写，弄不好除了已有的故事脉络再来个四的话，一不小心整个脉络就会写崩。目前的黑客帝国三部曲脉络清晰，拍出来也会一环扣一环，除非顺序看，否则少看一部都会看不懂整个故事脉络。而且故事的设定和正反派的设定非常棒。整个黑客帝国系列讲的其实就是先知的这个“人类拯救计划”的执行过程，虽然这个过程和手段会在最终出现翻转局面，但从这个角度再去看黑客帝国三部曲，基本上就能理清所有的剧情逻辑了。”
拉里也点着头：“主角相当于一个数学模型在模拟显示样本产生的残差，在拟合的过程中，建筑师必须均衡误差，只有这样，矩阵才不会崩溃。所以建筑师是算不到eo的一切，但是可以安排eo的归宿，也就是归零返回源代码。事实上这样的设定在前五代系统中都成功了。只有少部分被eo挑中的人被机器选中抽离出矩阵，让他们重建锡安，然后继续循环，为完美世界提供充足的相融时间。
先知作为一个管理面板一样的存在，常年研究人类的情感，最终安排了一盘大棋。安排男主和女主相爱，直接导致eo不愿意返回源代码，这样也造成了建筑师无法通过eo的代码删除或融合非法代码。再来就是自己故意被mith感染，从而给予了mith特工毁灭整个系统的能力，虽然是想解放人类，但这也造成机器与人类的最大灾难，从这点看来，先知比建筑师更像一个疯子。虽然最后人类获得了自由，但eo也最终归归了源代码，一切宿命又像建筑师设定好的那样，并且建筑师和先知在和平结束后还会继续博弈，日后不管是机器、人类还是救世主，都太可悲了。有了这三部曲的架构，建筑师和先知再开启轮回的宿命，mith特工和eo还会回来，而同化了先知的mith只有eo能对付他，mith胜利则代表了机器与人类共同失败，eo胜利则代表了轮回宿命还在继续，只不过这种轮回推迟了而已。所以这三部之外再继续写后续的话，先知知道了人类与代码已经开始相融，完美世界已经开始暗中实施者，她肯定会组织这种相融，肯定还会继续布置更大的局。一方致力破坏人与机器的和平，一方要死守完美世界的顺利降临，及建筑师和先知完全明面上的对立肯定会有更加精彩和宏大的博弈，很有可能正反两派的身份会被调换，剧本稍有不慎真的会被写崩。依我看黑客只能有三部曲，再写下去会不小心破坏了经典。”
说到这，拉里笑道：“我相信黑客帝国三部曲，会成为科幻电影中的经典，所以我一定会用心拍好它。”
“对，它一定会成为经典的。”
安迪也不住点着头道：“身为导演，遇到能堪称经典的剧本实为大幸，而黑客帝国三部曲就是这种剧本。这是经典电影的幸运，也是我们的幸运，所以我们兄弟一定会用最大诚意去拍好它。”
见他们终于理解了自己的构思和设定，少恭满意地点点头，然后在刘竟的示意下，告别了两位，跟着她去见另一个房间里的凯文莱特了。
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