幕府的组织从上到下划分了许多部门。
围绕在将军身边，协助共同处理国政大事的，从上到下依次是笔头、宿老、家老、传奉众、侧近众五个级别的家臣，组成权力核心“年寄众”，负责做出决策，向外传递。
其下设立二十余个重要部门。包括专门起草政令文书的佑笔众，管理军队行政的军奉行众，与朝廷沟通的禁里公家相谈众，在列国间游走的巡查众，负责维持道路和信函的传马众……甚至有公开监督天下武士的目付众，和私下作为耳目存在的暗部众。
当然后两者会经常有机会直面将军。
管理钱粮财税的文官，包括度支奉行、勘定奉行、仓库奉行、银座奉行、普请奉行、商屋奉行等等，虽然也要归属“年寄众”管辖和监督，但由于责任深重，规模较大，专业性强，不可避免具有一定自成体系的独立性。
掌握全国金银矿，法定垄断铸币权，控制“兵粮券”的印刷与发放，并同时禁止其他任何个人和组织制作信用票据，这就从货币角度控制了经济命脉。然后还有一个重要任务就是通过专卖权的授予来从豪商巨贾那里榨取资金，这在缺乏税务人员时不得不用的手段。
更不可能有专门的审计部门了。幸好文官之间也是存在派系的，比如伊奈忠次、长束正家非常融洽，但他们都不喜欢石田三成、安藤良整，通过职务调动，可以让他们相互牵制。
至于日后长远该怎么办，交给子孙们头疼去吧。
另外设定了庞大的亲卫众，负责将军本人和亲眷家小，以及重要办公场所，还有各地行辕的安全工作。
还有一个部分是从事服务的“御用人”组织，包括了厨师、医生、诗人、学者、占卜师、阴阳师、鹰匠、马夫……乃至所有小姓、仆役的管理。
幕府的直属职业脱产军队依然保持了四万的规模。后勤和行政操手于文官，但训练和作战依然由“部将众”负责。八名“军大将”，三十多名“势大将”，一百余名“备大将”的任免都需要将军本人签字。
此外最能脱离“年寄众”管辖的是专注于审理案件，解决诉讼的“问注评定所”。平手汎秀希望他们能发展成相对独立的法庭系统，避免文官一家独大。
这样幕府将军才更好操控，倒也是某种程度的“三权分立”。只不过是在实权君主之下的分立。
进一步，汎秀还考虑，是否定期举办谱代、一门、外藩都派代表出席的议会，让议会掌握立法权。不过目前看来可能会水土不服，有点过于激进了。
地方之上，则是存在了好几种不同的组织。
最引人关注的，是管理土地田产的武士。
平手汎秀对于幕府直辖的田产，设立了十八个“御料所”，而对于名义上属于家臣，实际由幕府代官的田产，则设定了二十三个“代官所”。
每“所”管理土地，少则五七万石，多则二十万石，有的是连成大片，有的是零散飞地，大约按照每五千石对应一名正式武士来决定人数规模。各所头目的主要职责是确保粮食按时按量上缴，也承担一定的行政、治安任务。
然后，直属于幕府的三十四处町镇，分别设置一个“町奉行所”，人数多少根据町镇的人口面积和经济规模决定。
中枢机构跟大商人打交道，主要是通过售卖专卖权的方式获利，每次都是几万贯。而地方的町奉行所的工作则是栋别钱、关税这之类琐碎的东西。
当然也不是专门捞钱，除了财税之外，也有警视厅来捕盗、消防，维护治安，作事奉行管各种基建修补，目安役者收集町民意见，诸如此等。
界町这种程度的大都市，奉行所会设有两百武士，这些武士又有六七百下人，能够承担复杂的任务。最小的町奉行所可能只有武士十名，下人三十，不过工作压力相应也很小。
另外在各地金银铜铁出产之地，设了二十一个“矿山奉行所”。他们的任务就很明白了，把矿石挖出来，进行粗加工，运回幕府交差即可。
每所之下，依然也要分为勘测规划、实施挖掘、加工运输、工匠管理、治安维护的几个小部门，其实也不比町奉行简单。生态更像是“大型国企”。
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